More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1294 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
310 aa  610  9.999999999999999e-175  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  80.65 
 
 
311 aa  475  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  82.68 
 
 
311 aa  461  1e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  72.52 
 
 
310 aa  443  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  77.48 
 
 
309 aa  443  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.13 
 
 
308 aa  440  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  69.87 
 
 
312 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  70.13 
 
 
313 aa  434  1e-120  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  68.75 
 
 
308 aa  430  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  75.25 
 
 
307 aa  427  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  68.11 
 
 
309 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  68.09 
 
 
308 aa  409  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.9 
 
 
308 aa  410  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  67.88 
 
 
308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.9 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  68.65 
 
 
309 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.18 
 
 
312 aa  402  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  65.45 
 
 
310 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  65.9 
 
 
309 aa  396  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  65.25 
 
 
309 aa  395  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  65.35 
 
 
308 aa  393  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.87 
 
 
314 aa  393  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  71.19 
 
 
315 aa  394  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 
304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 
304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 
304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.56 
 
 
309 aa  386  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.34 
 
 
313 aa  385  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  66.89 
 
 
313 aa  386  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  66.56 
 
 
314 aa  384  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  68.35 
 
 
308 aa  381  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  68.87 
 
 
314 aa  383  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.73 
 
 
308 aa  380  1e-104  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.03 
 
 
308 aa  377  1e-103  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  62.5 
 
 
312 aa  375  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.56 
 
 
320 aa  367  1e-100  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 
321 aa  295  9e-79  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.2 
 
 
310 aa  236  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.25 
 
 
331 aa  235  6e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  59.21 
 
 
258 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
327 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.84 
 
 
300 aa  223  3e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  45.73 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.76 
 
 
316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 
319 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.59 
 
 
300 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 
323 aa  215  5.9999999999999996e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.57 
 
 
353 aa  215  8e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.54 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45 
 
 
309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.12 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.34 
 
 
306 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.59 
 
 
356 aa  210  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.69 
 
 
313 aa  209  4e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 
315 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.8 
 
 
302 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  45.97 
 
 
299 aa  207  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.56 
 
 
326 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 
348 aa  206  5e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
304 aa  205  8e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  44.89 
 
 
353 aa  205  8e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
327 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 
341 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.62 
 
 
301 aa  203  2e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.07 
 
 
325 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  44.55 
 
 
352 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.63 
 
 
391 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  42.31 
 
 
377 aa  202  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.08 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.33 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.09 
 
 
334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  42.41 
 
 
370 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.5 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.86 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 
345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.64 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 
335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.18 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.66 
 
 
296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.14 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  39.46 
 
 
305 aa  199  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  39.46 
 
 
305 aa  199  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.25 
 
 
303 aa  200  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  43.63 
 
 
400 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.3 
 
 
303 aa  199  6e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 
313 aa  199  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.44 
 
 
318 aa  199  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.64 
 
 
318 aa  199  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.61 
 
 
312 aa  198  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 
322 aa  199  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.44 
 
 
325 aa  198  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  41.77 
 
 
358 aa  198  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.72 
 
 
403 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  42.04 
 
 
370 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.32 
 
 
403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 
314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>