More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_16460 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  67.75 
 
 		 310 aa  419  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  65.57 
 
 		 312 aa  418  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.87 
 
 		 308 aa  417  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  64.61 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  68.18 
 
 		 307 aa  397  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.15 
 
 		 311 aa  397  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  65.91 
 
 		 309 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  64.94 
 
 		 308 aa  387  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  62.99 
 
 		 308 aa  384  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.84 
 
 		 312 aa  386  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  65.25 
 
 		 309 aa  382  1e-105  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.79 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.67 
 
 		 304 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  64.08 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.14 
 
 		 309 aa  372  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  60.52 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  63.73 
 
 		 309 aa  374  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  63.79 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  61.33 
 
 		 310 aa  370  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  61.04 
 
 		 309 aa  369  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  65.15 
 
 		 315 aa  366  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  65.9 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.23 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  60.91 
 
 		 312 aa  364  1e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.9 
 
 		 308 aa  362  6e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.11 
 
 		 314 aa  354  7.999999999999999e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  61.51 
 
 		 314 aa  353  2e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  62.17 
 
 		 314 aa  351  8.999999999999999e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  58.58 
 
 		 313 aa  349  4e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.51 
 
 		 320 aa  343  2.9999999999999997e-93  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.74 
 
 		 313 aa  342  7e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  45.34 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  55.33 
 
 		 258 aa  214  9.999999999999999e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 300 aa  208  7e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.91 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.89 
 
 		 331 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.73 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.42 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.28 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 316 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.16 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.71 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  36.66 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.56 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.03 
 
 		 377 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  37.93 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.38 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.85 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.67 
 
 		 326 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.92 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.59 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  36.91 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  40.18 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.94 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.26 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  39.29 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.18 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.59 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.22 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.07 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.45 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  38.69 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.75 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.66 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.63 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.01 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.01 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  37.65 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.68 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  39.01 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.2 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 336 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  36.01 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  37.75 
 
 		 482 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.57 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  36.83 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.91 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.94 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  41.49 
 
 		 345 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.05 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  35.05 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.11 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>