More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_27270 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 308 aa  613  9.999999999999999e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  81.97 
 
 		 310 aa  516  1.0000000000000001e-145  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  73.6 
 
 		 308 aa  453  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  73.42 
 
 		 308 aa  448  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  72.94 
 
 		 308 aa  441  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  68.85 
 
 		 312 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  70.59 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  74.17 
 
 		 309 aa  430  1e-119  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  74.51 
 
 		 315 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.9 
 
 		 311 aa  426  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.33 
 
 		 304 aa  424  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.33 
 
 		 304 aa  424  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.33 
 
 		 304 aa  424  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  70.16 
 
 		 309 aa  422  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.87 
 
 		 309 aa  417  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  68.2 
 
 		 309 aa  417  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  73.68 
 
 		 307 aa  415  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.51 
 
 		 309 aa  413  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 310 aa  413  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  67.43 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  69.51 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  70.53 
 
 		 314 aa  410  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  69.18 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  68.08 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  70.63 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  66.78 
 
 		 312 aa  404  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.39 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  65.03 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  72.37 
 
 		 311 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.89 
 
 		 308 aa  396  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  72.13 
 
 		 310 aa  395  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.55 
 
 		 312 aa  396  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  69.02 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.36 
 
 		 314 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.2 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.01 
 
 		 320 aa  343  2e-93  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  47.57 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.58 
 
 		 300 aa  231  9e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.42 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.71 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.28 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.78 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.09 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  43.43 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  45.52 
 
 		 316 aa  216  4e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.56 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.27 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  55.83 
 
 		 258 aa  210  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 301 aa  205  8e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  41.51 
 
 		 329 aa  202  5e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 		 314 aa  202  5e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.71 
 
 		 356 aa  202  5e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.07 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 315 aa  202  5e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  37.91 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.6 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.85 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.78 
 
 		 296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.52 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.19 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  38.54 
 
 		 306 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  37.09 
 
 		 313 aa  196  6e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.24 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.71 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.64 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.71 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.71 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.76 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  36.71 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 322 aa  192  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.71 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.71 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  39.43 
 
 		 355 aa  192  9e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.21 
 
 		 329 aa  191  9e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 319 aa  192  9e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.35 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.97 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.31 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.77 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>