More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1426 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 313 aa  612  9.999999999999999e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  86.22 
 
 		 313 aa  516  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  69.71 
 
 		 310 aa  440  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  70.43 
 
 		 312 aa  430  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.39 
 
 		 308 aa  421  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  69.18 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  71.99 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  68.32 
 
 		 308 aa  404  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  66.01 
 
 		 308 aa  403  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  67.89 
 
 		 309 aa  402  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  67.33 
 
 		 308 aa  397  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  65.37 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.56 
 
 		 309 aa  394  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  66.01 
 
 		 309 aa  393  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.67 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.67 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  72.08 
 
 		 314 aa  393  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.67 
 
 		 304 aa  391  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 309 aa  390  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  68.63 
 
 		 307 aa  389  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  67.99 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  67.31 
 
 		 315 aa  386  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  64.14 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.71 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  63.73 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  64.14 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.99 
 
 		 314 aa  370  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.26 
 
 		 312 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.13 
 
 		 308 aa  363  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.74 
 
 		 309 aa  358  8e-98  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  64.03 
 
 		 311 aa  340  1e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  62.96 
 
 		 308 aa  340  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.61 
 
 		 308 aa  335  5.999999999999999e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.36 
 
 		 320 aa  333  3e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  43.42 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.38 
 
 		 331 aa  209  7e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.54 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.54 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  44.93 
 
 		 316 aa  205  6e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.48 
 
 		 327 aa  205  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.76 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  42.49 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.86 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.85 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  43.58 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.01 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.46 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.67 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.75 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.07 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.08 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  39.1 
 
 		 327 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.46 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.39 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.53 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.45 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  36.24 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.91 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  38.14 
 
 		 318 aa  186  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  51.61 
 
 		 258 aa  186  5e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 327 aa  186  6e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  36.3 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.62 
 
 		 322 aa  185  8e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.22 
 
 		 326 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.2 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.43 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.84 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.71 
 
 		 324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  34.29 
 
 		 313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.6 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  41.01 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.48 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  41.27 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>