More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1580 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
308 aa  613  9.999999999999999e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  87.34 
 
 
308 aa  523  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  66.89 
 
 
308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.5 
 
 
320 aa  404  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  66.01 
 
 
308 aa  400  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.89 
 
 
308 aa  396  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.56 
 
 
312 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  63.79 
 
 
312 aa  392  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  63.79 
 
 
310 aa  394  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  68.32 
 
 
309 aa  389  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.11 
 
 
311 aa  387  1e-106  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.55 
 
 
304 aa  385  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  69.51 
 
 
307 aa  386  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.55 
 
 
304 aa  384  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  64.88 
 
 
308 aa  387  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.55 
 
 
304 aa  384  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  66.22 
 
 
309 aa  384  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.79 
 
 
309 aa  384  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  65.22 
 
 
309 aa  380  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  64.12 
 
 
308 aa  377  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  69.9 
 
 
310 aa  375  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  63.12 
 
 
313 aa  374  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  61.59 
 
 
309 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  62.46 
 
 
312 aa  369  1e-101  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  68 
 
 
311 aa  366  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  62.13 
 
 
314 aa  363  2e-99  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  63.46 
 
 
314 aa  362  4e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  63.67 
 
 
309 aa  356  2.9999999999999997e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  59.54 
 
 
310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.86 
 
 
308 aa  348  6e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60 
 
 
309 aa  345  4e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.13 
 
 
313 aa  345  6e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61 
 
 
314 aa  344  1e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  64.33 
 
 
315 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  61.13 
 
 
313 aa  339  2.9999999999999998e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  57.33 
 
 
308 aa  337  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  48.52 
 
 
321 aa  280  3e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.7 
 
 
310 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.41 
 
 
300 aa  211  1e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 
300 aa  210  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  57.58 
 
 
258 aa  210  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.74 
 
 
302 aa  207  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.63 
 
 
331 aa  208  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.98 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.73 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  43.15 
 
 
315 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.24 
 
 
311 aa  200  3e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  40.4 
 
 
306 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  41.58 
 
 
311 aa  199  5e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.36 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.34 
 
 
341 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
302 aa  195  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.87 
 
 
302 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.15 
 
 
316 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
302 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 
302 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.53 
 
 
302 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
302 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  42.07 
 
 
314 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  40.88 
 
 
325 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 
302 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 
344 aa  193  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.86 
 
 
303 aa  193  4e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 
334 aa  193  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.59 
 
 
326 aa  192  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.2 
 
 
300 aa  192  7e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 
299 aa  192  8e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.31 
 
 
309 aa  192  8e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.2 
 
 
302 aa  192  8e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.83 
 
 
377 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.32 
 
 
353 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 
296 aa  191  1e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  38.21 
 
 
306 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.2 
 
 
302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.59 
 
 
315 aa  189  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  40.91 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.41 
 
 
302 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  40.79 
 
 
302 aa  188  8e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.54 
 
 
303 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.67 
 
 
321 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  39.53 
 
 
305 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  40.07 
 
 
320 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
353 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 
319 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 
305 aa  185  8e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  39.68 
 
 
326 aa  185  8e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
334 aa  185  9e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 
352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.28 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.79 
 
 
312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.07 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  39.02 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  40.45 
 
 
334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.27 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.3 
 
 
320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  39.82 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 
313 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>