More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0141 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  100 
 
 		 258 aa  530  1e-150  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  68.33 
 
 		 321 aa  337  9.999999999999999e-92  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  56.78 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.9 
 
 		 308 aa  267  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  57.45 
 
 		 308 aa  266  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  56.41 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.83 
 
 		 308 aa  262  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  58.41 
 
 		 314 aa  255  5e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  53.51 
 
 		 310 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.09 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.33 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  56.58 
 
 		 314 aa  252  5.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.33 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.33 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.82 
 
 		 311 aa  251  7e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.83 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  54.19 
 
 		 310 aa  248  5e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  55.56 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  56.85 
 
 		 309 aa  248  8e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.3 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  53.68 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  55.07 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.41 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  53.98 
 
 		 309 aa  245  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  54.15 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  58.68 
 
 		 310 aa  242  3.9999999999999997e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  51.77 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  52.86 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  52.34 
 
 		 312 aa  239  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.63 
 
 		 320 aa  238  5e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  52.21 
 
 		 308 aa  236  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  57.14 
 
 		 308 aa  235  6e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  55.98 
 
 		 311 aa  231  8.000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  55.98 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.05 
 
 		 312 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  53.36 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.85 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  50.85 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.79 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  41.2 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 		 319 aa  176  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.35 
 
 		 303 aa  175  5e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.56 
 
 		 315 aa  175  6e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.05 
 
 		 301 aa  174  9e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 		 304 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.76 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  47.9 
 
 		 327 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.93 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.74 
 
 		 331 aa  171  7.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 		 314 aa  171  7.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 322 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  39.66 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.41 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.92 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.51 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.13 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 311 aa  168  7e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.08 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 302 aa  168  8e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.09 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  40.47 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 323 aa  166  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  40.83 
 
 		 304 aa  165  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.13 
 
 		 322 aa  165  8e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 		 305 aa  164  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  39.92 
 
 		 348 aa  162  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.63 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.21 
 
 		 312 aa  162  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  38.55 
 
 		 343 aa  161  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.84 
 
 		 403 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  38.31 
 
 		 343 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.24 
 
 		 313 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  42 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.7 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.52 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 332 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  41.55 
 
 		 318 aa  159  4e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.16 
 
 		 342 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  40.4 
 
 		 324 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>