More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5746 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
310 aa  619  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  81.97 
 
 
308 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  72.37 
 
 
308 aa  455  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  71.62 
 
 
308 aa  448  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  68.73 
 
 
312 aa  447  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  72.7 
 
 
308 aa  442  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  73.03 
 
 
309 aa  431  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  68.4 
 
 
309 aa  432  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.26 
 
 
311 aa  426  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.67 
 
 
304 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.71 
 
 
313 aa  422  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.67 
 
 
304 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.67 
 
 
304 aa  424  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.75 
 
 
309 aa  419  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  67.43 
 
 
313 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  69.87 
 
 
309 aa  418  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  68.08 
 
 
309 aa  414  9.999999999999999e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  71.61 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  70.82 
 
 
307 aa  417  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  69.08 
 
 
308 aa  412  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  67.54 
 
 
314 aa  414  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  67.99 
 
 
309 aa  413  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  64.61 
 
 
310 aa  410  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.47 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  68.52 
 
 
314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  63.67 
 
 
313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.76 
 
 
312 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  65.03 
 
 
308 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  72.52 
 
 
310 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  64.26 
 
 
312 aa  398  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  70.45 
 
 
311 aa  394  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.79 
 
 
308 aa  394  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.19 
 
 
314 aa  392  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  65.22 
 
 
308 aa  379  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.61 
 
 
308 aa  354  7.999999999999999e-97  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.25 
 
 
320 aa  352  2.9999999999999997e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
321 aa  275  8e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.14 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.26 
 
 
310 aa  219  6e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.73 
 
 
308 aa  217  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.91 
 
 
300 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.47 
 
 
302 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.48 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.44 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.64 
 
 
306 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.31 
 
 
306 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  51.92 
 
 
258 aa  210  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.42 
 
 
331 aa  209  6e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  39.14 
 
 
305 aa  202  6e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.27 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  41.42 
 
 
313 aa  199  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.6 
 
 
315 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.41 
 
 
301 aa  199  5e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  39.2 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.46 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.15 
 
 
303 aa  195  7e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.42 
 
 
309 aa  195  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.08 
 
 
322 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.13 
 
 
334 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 
306 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 
305 aa  193  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.96 
 
 
326 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  39.18 
 
 
319 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.78 
 
 
296 aa  193  3e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 
334 aa  193  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
322 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.54 
 
 
304 aa  192  5e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46.54 
 
 
314 aa  192  6e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.75 
 
 
325 aa  192  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 
341 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.97 
 
 
296 aa  190  2e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.34 
 
 
320 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.82 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.94 
 
 
353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.96 
 
 
312 aa  189  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.26 
 
 
303 aa  187  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
341 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.02 
 
 
356 aa  186  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 
333 aa  186  3e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.79 
 
 
377 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  37.34 
 
 
304 aa  186  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.26 
 
 
318 aa  185  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.14 
 
 
302 aa  185  8e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.66 
 
 
327 aa  185  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.14 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.2 
 
 
302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.33 
 
 
313 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  36.98 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  33.75 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.88 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.56 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  38.23 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.2 
 
 
302 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>