More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2401 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 309 aa  607  1e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  74.17 
 
 		 308 aa  456  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  73.03 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  75.99 
 
 		 311 aa  456  1e-127  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  71.48 
 
 		 312 aa  448  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  71.99 
 
 		 308 aa  448  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  75.24 
 
 		 307 aa  436  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  71.15 
 
 		 308 aa  433  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  77.48 
 
 		 310 aa  429  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  76.87 
 
 		 311 aa  424  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  69.64 
 
 		 309 aa  426  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.91 
 
 		 309 aa  416  9.999999999999999e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.26 
 
 		 312 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.26 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  67.1 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.33 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.32 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.26 
 
 		 314 aa  411  1e-114  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  68.08 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  70.26 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  64.82 
 
 		 310 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  69.21 
 
 		 309 aa  404  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  69.74 
 
 		 314 aa  401  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  68.54 
 
 		 308 aa  401  1e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  69.21 
 
 		 309 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  69.51 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  67.99 
 
 		 314 aa  397  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  68.33 
 
 		 308 aa  392  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  69.48 
 
 		 315 aa  392  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.38 
 
 		 308 aa  388  1e-107  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.99 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  63.96 
 
 		 312 aa  386  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.24 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  48.36 
 
 		 321 aa  293  2e-78  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.62 
 
 		 316 aa  226  6e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.77 
 
 		 310 aa  225  8e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 		 300 aa  223  4e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.78 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.32 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 		 331 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 306 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.85 
 
 		 258 aa  215  9e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.03 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.32 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  45.95 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.07 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.55 
 
 		 327 aa  208  9e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.9 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.47 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.25 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.38 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.32 
 
 		 312 aa  202  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.39 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  43.51 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.23 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.11 
 
 		 391 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.07 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.95 
 
 		 322 aa  196  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 313 aa  197  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 323 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.05 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.17 
 
 		 353 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  42.14 
 
 		 377 aa  196  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.16 
 
 		 329 aa  195  8.000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.25 
 
 		 306 aa  195  8.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 319 aa  192  5e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 		 326 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 		 407 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 		 405 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.83 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 		 400 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.38 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.16 
 
 		 395 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 389 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.16 
 
 		 395 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 389 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 389 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  43.13 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 389 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 395 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  41.21 
 
 		 358 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  41.06 
 
 		 344 aa  189  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>