More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1420 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 310 aa  627  1e-178  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  81.23 
 
 		 309 aa  514  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  77.99 
 
 		 309 aa  481  1e-135  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.14 
 
 		 309 aa  444  1e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  68.83 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  63.43 
 
 		 312 aa  422  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 308 aa  420  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  64.61 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  67.1 
 
 		 307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  63.84 
 
 		 308 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  63.73 
 
 		 308 aa  398  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  67.32 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  64.82 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.13 
 
 		 314 aa  393  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  64.82 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  65.26 
 
 		 315 aa  381  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.33 
 
 		 309 aa  383  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.76 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  62.62 
 
 		 309 aa  377  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  61.51 
 
 		 312 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.19 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  60.26 
 
 		 308 aa  371  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.54 
 
 		 304 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  59.02 
 
 		 313 aa  373  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.54 
 
 		 304 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.54 
 
 		 304 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.24 
 
 		 312 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  65.45 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.54 
 
 		 308 aa  356  2.9999999999999997e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  59.87 
 
 		 308 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  62.09 
 
 		 311 aa  348  6e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.08 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  58.61 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.97 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  43.61 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.3 
 
 		 331 aa  222  8e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 308 aa  220  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  53.57 
 
 		 258 aa  218  1e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.75 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 		 319 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.19 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 		 327 aa  215  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.66 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.78 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.31 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  41.98 
 
 		 329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.88 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.66 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.5 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  43.25 
 
 		 341 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.64 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  41.8 
 
 		 323 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  40.12 
 
 		 327 aa  205  8e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.75 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 309 aa  205  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.19 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.41 
 
 		 341 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  39.44 
 
 		 331 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  43.19 
 
 		 344 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.58 
 
 		 325 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 334 aa  202  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.34 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.72 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.36 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.56 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  43.09 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  40.63 
 
 		 352 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  40.63 
 
 		 352 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  37.84 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 405 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.23 
 
 		 325 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 407 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  44.95 
 
 		 400 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.14 
 
 		 323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.97 
 
 		 402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.68 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.48 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.82 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>