More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4000 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  100 
 
 		 312 aa  627  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  67.1 
 
 		 308 aa  404  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.78 
 
 		 308 aa  404  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  64.26 
 
 		 310 aa  398  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  63.58 
 
 		 312 aa  393  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  63.49 
 
 		 309 aa  385  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.89 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.89 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.89 
 
 		 304 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  63.07 
 
 		 308 aa  381  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  67.66 
 
 		 314 aa  381  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  63.52 
 
 		 309 aa  381  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  64.5 
 
 		 309 aa  380  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.61 
 
 		 314 aa  378  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  65.26 
 
 		 313 aa  380  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.37 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  63.7 
 
 		 309 aa  372  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  66.23 
 
 		 315 aa  371  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  63.04 
 
 		 308 aa  371  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.16 
 
 		 308 aa  371  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  65.9 
 
 		 307 aa  372  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.46 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  59.55 
 
 		 313 aa  366  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.91 
 
 		 309 aa  364  1e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.95 
 
 		 309 aa  363  2e-99  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  60.86 
 
 		 310 aa  363  2e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.58 
 
 		 312 aa  363  2e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  63.96 
 
 		 309 aa  360  1e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.33 
 
 		 308 aa  359  4e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.36 
 
 		 311 aa  355  5.999999999999999e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  62.79 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58 
 
 		 320 aa  339  4e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  61.64 
 
 		 311 aa  335  7.999999999999999e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  62.5 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.61 
 
 		 300 aa  205  9e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.48 
 
 		 318 aa  203  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 315 aa  202  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.39 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  38.31 
 
 		 308 aa  202  9e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.05 
 
 		 331 aa  201  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 316 aa  198  9e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  51.52 
 
 		 258 aa  195  1e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.5 
 
 		 310 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.04 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.92 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.89 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.91 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.26 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 		 321 aa  185  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.29 
 
 		 319 aa  185  7e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  42 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.36 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.14 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.23 
 
 		 334 aa  180  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  39.67 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  37.62 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.55 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.27 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  36.89 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  38.11 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.22 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.04 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.62 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.35 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  35.62 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 356 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.28 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.53 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.9 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.3 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.05 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.29 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.36 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 344 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.05 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.41 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>