More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2003 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 334 aa  659    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  61.61 
 
 		 369 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  58.26 
 
 		 327 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  59.33 
 
 		 334 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.7 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  58.67 
 
 		 334 aa  315  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  55.31 
 
 		 356 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  53.7 
 
 		 344 aa  311  7.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.59 
 
 		 334 aa  311  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  55.06 
 
 		 344 aa  306  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.46 
 
 		 339 aa  305  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.92 
 
 		 403 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.16 
 
 		 403 aa  285  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  54.21 
 
 		 370 aa  275  6e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  51.55 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  55.22 
 
 		 358 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  52.24 
 
 		 407 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.04 
 
 		 391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  52.41 
 
 		 405 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  54.24 
 
 		 431 aa  269  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.05 
 
 		 438 aa  268  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  52.2 
 
 		 400 aa  268  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.78 
 
 		 402 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  52.12 
 
 		 360 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  50 
 
 		 402 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 402 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.35 
 
 		 395 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.35 
 
 		 395 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 		 389 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 		 389 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 		 389 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  53.57 
 
 		 436 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  52.04 
 
 		 395 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  52.04 
 
 		 389 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  49.48 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  51.71 
 
 		 327 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.62 
 
 		 318 aa  249  6e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.78 
 
 		 356 aa  247  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.68 
 
 		 343 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.02 
 
 		 321 aa  235  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.49 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.98 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  44.33 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  46.2 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  47.68 
 
 		 329 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.28 
 
 		 327 aa  229  7e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  44.52 
 
 		 323 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.78 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  43.16 
 
 		 305 aa  228  2e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  44.66 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.08 
 
 		 315 aa  226  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 		 323 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.43 
 
 		 333 aa  225  7e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  46 
 
 		 324 aa  225  8e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.55 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.09 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.31 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.64 
 
 		 323 aa  223  4e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.61 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  45.03 
 
 		 325 aa  222  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  46.55 
 
 		 344 aa  222  7e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  45.55 
 
 		 322 aa  222  8e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.41 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.41 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.41 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.41 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.41 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.41 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 		 323 aa  219  6e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  43.45 
 
 		 304 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.41 
 
 		 302 aa  219  7e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  44.05 
 
 		 331 aa  219  7e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.96 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.95 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  46.03 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.61 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.86 
 
 		 325 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.08 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  43 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.03 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.85 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  46.56 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.64 
 
 		 331 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  44 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.3 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  42.29 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.04 
 
 		 315 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.9 
 
 		 325 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.7 
 
 		 325 aa  215  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.54 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.92 
 
 		 316 aa  215  9e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 324 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>