More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2627 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 308 aa  621  1e-177  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  76.87 
 
 		 308 aa  486  1e-136  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  78.55 
 
 		 309 aa  478  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  76.33 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  76.33 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  76.33 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  76.24 
 
 		 309 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  75.83 
 
 		 308 aa  461  1e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  72.37 
 
 		 310 aa  455  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.6 
 
 		 308 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  70.16 
 
 		 308 aa  439  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  67.21 
 
 		 312 aa  430  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  71.99 
 
 		 309 aa  423  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  66.23 
 
 		 309 aa  416  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.61 
 
 		 309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  67.1 
 
 		 312 aa  404  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.56 
 
 		 311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.89 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 312 aa  401  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  63.84 
 
 		 310 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  68.09 
 
 		 314 aa  394  1e-109  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 313 aa  394  1e-109  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  65.03 
 
 		 309 aa  392  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  66.34 
 
 		 314 aa  392  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.38 
 
 		 309 aa  393  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  65.57 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  67.68 
 
 		 308 aa  388  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  61.24 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  66.12 
 
 		 307 aa  388  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  68.75 
 
 		 310 aa  389  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.01 
 
 		 313 aa  385  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  66.99 
 
 		 311 aa  376  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  64.26 
 
 		 315 aa  371  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.56 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.5 
 
 		 308 aa  355  5e-97  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.4 
 
 		 320 aa  353  2.9999999999999997e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  49.01 
 
 		 321 aa  288  7e-77  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.63 
 
 		 258 aa  223  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.36 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 		 331 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.58 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  37.03 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 306 aa  212  7e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.97 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.68 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.37 
 
 		 334 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 315 aa  203  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  39.61 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.74 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.74 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.59 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.55 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.14 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  39.94 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.67 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  41.4 
 
 		 329 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.39 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 316 aa  199  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.06 
 
 		 303 aa  199  7e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.46 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  40.34 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.86 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.67 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.11 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.11 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.9 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.11 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.79 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.39 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 		 327 aa  192  5e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.68 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.37 
 
 		 325 aa  192  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.21 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  37.77 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  38.87 
 
 		 341 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.59 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.33 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  37.16 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  43.14 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.71 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 311 aa  189  5e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.17 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.02 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 		 352 aa  188  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.85 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 315 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>