More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5735 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 312 aa  624  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  69.9 
 
 		 309 aa  450  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  68.73 
 
 		 310 aa  447  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.85 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  67.21 
 
 		 308 aa  430  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  68.85 
 
 		 308 aa  428  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  71.48 
 
 		 309 aa  423  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.72 
 
 		 312 aa  421  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 309 aa  418  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.57 
 
 		 309 aa  418  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  66.34 
 
 		 308 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.31 
 
 		 309 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  63.43 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.43 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  71.29 
 
 		 307 aa  414  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  69.41 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.56 
 
 		 304 aa  408  1e-113  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.22 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  68.44 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.22 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 311 aa  402  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  67.11 
 
 		 309 aa  403  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.45 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  65.26 
 
 		 313 aa  394  1e-109  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.79 
 
 		 314 aa  395  1e-109  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  64.92 
 
 		 308 aa  393  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.79 
 
 		 308 aa  392  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  63.58 
 
 		 312 aa  393  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  67.44 
 
 		 314 aa  392  1e-108  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  68.2 
 
 		 315 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  69.28 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  69.87 
 
 		 310 aa  386  1e-106  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  64.29 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.28 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  64.51 
 
 		 308 aa  363  2e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.08 
 
 		 320 aa  349  4e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  43.55 
 
 		 321 aa  267  1e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.1 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.05 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.86 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 		 327 aa  206  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.37 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.39 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.18 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.94 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  52.53 
 
 		 258 aa  203  3e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.41 
 
 		 316 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.24 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.83 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.77 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.49 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 		 310 aa  193  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  39.59 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 377 aa  193  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 352 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.92 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.6 
 
 		 319 aa  192  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 		 315 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  41.88 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.07 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.38 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  42.27 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  40.79 
 
 		 320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 336 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.59 
 
 		 391 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 319 aa  189  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  42.01 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 352 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.19 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 343 aa  189  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.19 
 
 		 356 aa  189  7e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.75 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 352 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 		 343 aa  188  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.61 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  41.64 
 
 		 426 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  41.19 
 
 		 376 aa  187  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.39 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.14 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.38 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  39.81 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.9 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>