More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1353 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
403 aa  822    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  78.23 
 
 
403 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  63.9 
 
 
370 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  63.27 
 
 
370 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  69.75 
 
 
358 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  66.26 
 
 
400 aa  421  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.52 
 
 
391 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  65.17 
 
 
407 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  65.47 
 
 
405 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.37 
 
 
402 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  65.95 
 
 
360 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  65.95 
 
 
402 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  65.95 
 
 
402 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.84 
 
 
438 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  61.17 
 
 
431 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.1 
 
 
395 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.1 
 
 
395 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  66.35 
 
 
436 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  61.81 
 
 
395 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  61.81 
 
 
389 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  62.1 
 
 
389 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  62.1 
 
 
389 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  62.1 
 
 
389 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.16 
 
 
356 aa  325  6e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  54.58 
 
 
318 aa  322  5e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  53.65 
 
 
344 aa  322  8e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  52.41 
 
 
318 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.85 
 
 
318 aa  308  9e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  55.48 
 
 
327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  54.91 
 
 
315 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.1 
 
 
318 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.91 
 
 
313 aa  294  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  49.06 
 
 
319 aa  282  6.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.27 
 
 
321 aa  282  6.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  50.64 
 
 
344 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.58 
 
 
334 aa  279  6e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  51.27 
 
 
334 aa  276  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 
325 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  51.28 
 
 
356 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  48.7 
 
 
340 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.16 
 
 
334 aa  271  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.87 
 
 
319 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  49.09 
 
 
327 aa  271  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  47.98 
 
 
352 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
344 aa  269  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  48.29 
 
 
352 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  47.98 
 
 
352 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  48.73 
 
 
323 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  48.61 
 
 
323 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  50.5 
 
 
313 aa  266  5.999999999999999e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.34 
 
 
324 aa  265  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  48.18 
 
 
329 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 
344 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  45.97 
 
 
352 aa  263  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  47.29 
 
 
334 aa  263  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  47.99 
 
 
323 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48 
 
 
320 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.73 
 
 
339 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.79 
 
 
324 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 
320 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.84 
 
 
325 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
323 aa  261  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  47.08 
 
 
320 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  52.01 
 
 
369 aa  260  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  48.74 
 
 
324 aa  260  4e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.55 
 
 
326 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  44.77 
 
 
420 aa  258  1e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 
327 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  47.59 
 
 
323 aa  258  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.55 
 
 
326 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
326 aa  256  4e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  47.81 
 
 
320 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  48.11 
 
 
324 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  48.11 
 
 
324 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  48.11 
 
 
324 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  48.11 
 
 
324 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  47.85 
 
 
320 aa  255  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  45.95 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  45.95 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.25 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  45.95 
 
 
326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.85 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  48.47 
 
 
324 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.98 
 
 
323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  46.86 
 
 
324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.43 
 
 
326 aa  252  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.02 
 
 
334 aa  251  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
327 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  47.65 
 
 
322 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
333 aa  250  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.11 
 
 
321 aa  251  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.66 
 
 
323 aa  251  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>