More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene lpp1287 on replicon NC_006368
Organism: Legionella pneumophila str. Paris



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  100 
 
 
321 aa  661    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  98.44 
 
 
321 aa  651    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  49.68 
 
 
315 aa  334  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  47.28 
 
 
327 aa  318  6e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.5 
 
 
313 aa  318  7.999999999999999e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  47.28 
 
 
331 aa  318  1e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.06 
 
 
340 aa  312  3.9999999999999997e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  46.62 
 
 
329 aa  311  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  47.5 
 
 
352 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  47.5 
 
 
352 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
319 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  45.17 
 
 
319 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
352 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.27 
 
 
325 aa  305  9.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.27 
 
 
325 aa  305  9.000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.86 
 
 
325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.71 
 
 
325 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
333 aa  303  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  49.38 
 
 
324 aa  302  5.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  45 
 
 
320 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  45.94 
 
 
320 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.62 
 
 
320 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.2 
 
 
326 aa  299  5e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  46.2 
 
 
327 aa  299  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.2 
 
 
326 aa  298  7e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.2 
 
 
326 aa  298  8e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.2 
 
 
326 aa  298  8e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  45.89 
 
 
326 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  45.89 
 
 
326 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  45.89 
 
 
326 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.89 
 
 
326 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.89 
 
 
326 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45 
 
 
320 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.99 
 
 
327 aa  296  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.65 
 
 
325 aa  296  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.86 
 
 
313 aa  295  7e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  46.73 
 
 
325 aa  295  9e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.42 
 
 
334 aa  294  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.96 
 
 
325 aa  294  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.87 
 
 
326 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 
326 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.06 
 
 
320 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 
326 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 
326 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 
326 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.94 
 
 
326 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  44.3 
 
 
336 aa  289  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.91 
 
 
323 aa  289  4e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  46 
 
 
321 aa  288  6e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.99 
 
 
324 aa  288  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.67 
 
 
327 aa  288  8e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.86 
 
 
325 aa  286  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 
323 aa  286  2e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.03 
 
 
324 aa  286  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  44.94 
 
 
325 aa  286  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  46.05 
 
 
324 aa  285  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  43.35 
 
 
327 aa  285  9e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  46.67 
 
 
323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.43 
 
 
356 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  46.36 
 
 
323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.48 
 
 
325 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.93 
 
 
324 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  46.67 
 
 
324 aa  279  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.67 
 
 
323 aa  279  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.67 
 
 
323 aa  279  5e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  45.42 
 
 
323 aa  278  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.67 
 
 
323 aa  278  7e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  46.86 
 
 
324 aa  278  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.66 
 
 
327 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
324 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
324 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  47 
 
 
324 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
324 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  45.22 
 
 
318 aa  275  5e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  45.64 
 
 
324 aa  275  5e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.25 
 
 
319 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  45.25 
 
 
310 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.48 
 
 
318 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  43.23 
 
 
352 aa  268  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  42.63 
 
 
322 aa  266  2e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.62 
 
 
321 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.27 
 
 
318 aa  262  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
370 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
370 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.77 
 
 
319 aa  253  3e-66  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  41.27 
 
 
358 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  39.94 
 
 
396 aa  247  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
400 aa  246  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  41.61 
 
 
420 aa  243  3e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  42.27 
 
 
344 aa  242  6e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.62 
 
 
403 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 
304 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  41.21 
 
 
344 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
302 aa  239  4e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.25 
 
 
303 aa  239  4e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.76 
 
 
391 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 
403 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 
319 aa  238  8e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>