More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1106 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1106  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 605 aa  1228    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000356395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1321  TPR repeat-containing protein  37.19 
 
 		 638 aa  332  1e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.002861  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3794  TPR repeat-containing protein  35.43 
 
 		 657 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1840  TPR repeat-containing protein  38.74 
 
 		 657 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.829292 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  34.34 
 
 		 762 aa  289  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2298  TPR repeat-containing protein  34.71 
 
 		 570 aa  278  3e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0666  Tetratricopeptide TPR_4  35.22 
 
 		 575 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3305  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.26 
 
 		 654 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0943  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.6 
 
 		 653 aa  264  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000395442 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0677  TPR repeat-containing protein  38.24 
 
 		 616 aa  259  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  30.39 
 
 		 827 aa  248  2e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2419  TPR repeat-containing protein  33.51 
 
 		 792 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0484292  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3173  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 		 697 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0407738  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0666  Tetratricopeptide TPR_4  34.19 
 
 		 566 aa  233  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0632  tetratricopeptide protein)  33.27 
 
 		 566 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3076  TPR repeat-containing protein  31.33 
 
 		 697 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3075  TPR repeat-containing protein  34.57 
 
 		 602 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.320155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1350  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 		 766 aa  179  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3018  hypothetical protein  27.32 
 
 		 540 aa  171  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00759929  hitchhiker  0.000000786199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0656  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 639 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.329411  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2933  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.57 
 
 		 576 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0125  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 812 aa  160  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.298389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1112  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.56 
 
 		 536 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1411  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 		 708 aa  150  9e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000178962  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2413  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 		 593 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0588  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 		 613 aa  146  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2508  TPR domain-containing protein  28.31 
 
 		 559 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.849467  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2471  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 643 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3244  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.8 
 
 		 699 aa  140  8.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2415  TPR repeat-containing protein  25.68 
 
 		 686 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0622  hypothetical protein  27.88 
 
 		 499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2067  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 		 586 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0230242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  25.38 
 
 		 589 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2626  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 		 587 aa  120  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1114  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.44 
 
 		 641 aa  120  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2470  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 581 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2893  hypothetical protein  27.79 
 
 		 497 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0588266 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 3145 aa  112  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  37.18 
 
 		 847 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4282  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 		 715 aa  103  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  37.42 
 
 		 810 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0584  hypothetical protein  25.6 
 
 		 546 aa  103  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  33.87 
 
 		 718 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  36.02 
 
 		 878 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  39.58 
 
 		 649 aa  102  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3198  TPR repeat-containing protein  24.92 
 
 		 645 aa  99.4  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 635 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 635 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  35.22 
 
 		 639 aa  98.6  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 611 aa  98.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  39.69 
 
 		 626 aa  98.2  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 		 614 aa  98.2  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 		 614 aa  98.2  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  39.69 
 
 		 614 aa  98.2  4e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  39.69 
 
 		 626 aa  98.2  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  39.69 
 
 		 614 aa  98.2  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 		 614 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  34.59 
 
 		 637 aa  97.8  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  36.63 
 
 		 362 aa  97.4  6e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  34.62 
 
 		 685 aa  96.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  35.71 
 
 		 626 aa  95.9  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1870  TPR repeat-containing protein  35.47 
 
 		 686 aa  95.5  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  34.36 
 
 		 636 aa  94.7  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  34.59 
 
 		 612 aa  94.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  40.15 
 
 		 875 aa  94.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  33.33 
 
 		 620 aa  94.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 620 aa  94.7  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  34.02 
 
 		 637 aa  94  7e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  33.11 
 
 		 820 aa  94  8e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  33.13 
 
 		 573 aa  91.3  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  33.51 
 
 		 615 aa  90.5  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.92 
 
 		 988 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  32.62 
 
 		 681 aa  89.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  36.18 
 
 		 1085 aa  90.1  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2322  TPR repeat-containing protein  31.22 
 
 		 352 aa  89.7  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 		 274 aa  89.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1542  TPR repeat-containing protein  25.75 
 
 		 534 aa  89.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00030715  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.99 
 
 		 632 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.42 
 
 		 639 aa  88.2  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 405 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  34.66 
 
 		 1406 aa  87  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  35 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  33.33 
 
 		 594 aa  86.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  28.11 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28 
 
 		 1056 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.61 
 
 		 818 aa  85.5  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  33.33 
 
 		 816 aa  84.7  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.26 
 
 		 1022 aa  84.3  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  33.76 
 
 		 909 aa  84.3  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2853  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.17 
 
 		 441 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0260503 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  28.05 
 
 		 764 aa  83.2  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3268  TPR repeat-containing protein  36.17 
 
 		 441 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.17 
 
 		 784 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 		 217 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  33.72 
 
 		 732 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 542 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  36.64 
 
 		 267 aa  82  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  31.93 
 
 		 632 aa  82  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.08 
 
 		 689 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  34.25 
 
 		 1676 aa  81.6  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>