More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3783 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3783  PDZ/DHR/GLGF  100 
 
 		 345 aa  673    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.331008  normal  0.173325 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0943  peptidase S16 lon domain-containing protein  71.68 
 
 		 348 aa  482  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3727  peptidase S16 lon domain protein  52.29 
 
 		 350 aa  311  6.999999999999999e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.551436  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8344  hypothetical protein  49 
 
 		 348 aa  307  2.0000000000000002e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258023  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2953  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  49 
 
 		 348 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0330402  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4111  hypothetical protein  45.07 
 
 		 337 aa  258  8e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.404702  normal  0.0634839 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07640  predicted secreted protein containing a PDZ domain protein  43.48 
 
 		 381 aa  257  2e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.574561 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7929  PDZ/DHR/GLGF domain protein  42.25 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3730  hypothetical protein  45.22 
 
 		 316 aa  247  3e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0939  PDZ/DHR/GLGF domain protein  44.61 
 
 		 386 aa  246  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0539  PDZ domain-containing protein  40.86 
 
 		 347 aa  241  2e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.08903  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2472  PDZ domain-containing protein  42.27 
 
 		 342 aa  237  2e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000879917 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1813  PDZ/DHR/GLGF  40.18 
 
 		 359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0366136 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1528  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  42.3 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.194466  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4655  PDZ/DHR/GLGF  38.78 
 
 		 340 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13214  hypothetical protein  40 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.303066 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1468  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  39.29 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1432  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  39.29 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1414  PDZ/DHR/GLGF  39.22 
 
 		 345 aa  223  4e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2750  PDZ domain-containing protein  43.06 
 
 		 387 aa  222  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.693898  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0723  hypothetical protein  39.48 
 
 		 358 aa  219  7e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27490  predicted secreted protein containing a PDZ domain  40.06 
 
 		 395 aa  215  9e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4223  hypothetical protein  44.89 
 
 		 348 aa  212  5.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1597  PDZ/DHR/GLGF domain protein  38.94 
 
 		 353 aa  212  7e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.376622  normal  0.235489 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11460  predicted secreted protein containing a PDZ domain  39.82 
 
 		 383 aa  211  1e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0905061  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2463  PDZ/DHR/GLGF domain protein  39.77 
 
 		 441 aa  210  3e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.236943  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0792  peptidase S16 lon domain protein  39.24 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.746273  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2889  PDZ domain-containing protein  40.91 
 
 		 373 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3797  PDZ domain-containing protein  38.61 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0263048 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3039  hypothetical protein  40.12 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0475  peptidase S16, lon domain-containing protein  42.3 
 
 		 394 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3489  secreted protein containing a PDZ domain-like protein  39.01 
 
 		 355 aa  199  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.154798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1191  PDZ/DHR/GLGF domain protein  41.67 
 
 		 376 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15020  predicted secreted protein containing a PDZ domain  40.24 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.820333  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4378  secreted protein containing a PDZ domain-like protein  38.11 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19080  predicted secreted protein containing a PDZ domain  39.24 
 
 		 374 aa  166  5.9999999999999996e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0257465  normal  0.465103 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4038  PDZ domain protein  32.13 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000075262  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3753  peptidase S16 lon domain-containing protein  32.13 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0255917  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3972  PDZ domain-containing protein  31.8 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.054386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3838  PDZ domain-containing protein  31.8 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.122168  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4136  pdz domain-containing protein  31.8 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.871143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3668  ATP-dependent protease La  31.48 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000638518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3685  ATP-dependent protease La  31.48 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.145814  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3941  PDZ domain protein  31.48 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1212  PDZ domain protein  31.15 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000943409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4027  PDZ domain protein  31.15 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0104876  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2629  peptidase S16 lon domain-containing protein  30.37 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000743366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1003  PDZ/DHR/GLGF domain protein  30.55 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1352  PDZ/DHR/GLGF domain protein  31.56 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000773296  normal  0.189925 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10180  PDZ/DHR/GLGF domain protein  30.25 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.434283  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0447  PDZ domain family protein  47.01 
 
 		 295 aa  106  7e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0480503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1875  PDZ/DHR/GLGF domain protein  29.28 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0112  hypothetical protein  46.55 
 
 		 293 aa  104  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1612  protease  36.32 
 
 		 358 aa  103  6e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1258  Lon-like protease  28.66 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.383395  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1590  Lon-like protease  32.84 
 
 		 363 aa  100  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0001011  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0642  PDZ domain-containing protein  36.97 
 
 		 350 aa  97.4  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000440565  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2463  protease  31.21 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0455  hypothetical protein  31.53 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352911  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1176  Lon-like protease  32.31 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000375702  hitchhiker  0.0000395779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2996  ATP-dependent protease La  34.95 
 
 		 815 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2778  ATP-dependent protease La  35.58 
 
 		 802 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1674  peptidase S16, ATP-dependent protease La  43.48 
 
 		 812 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.37162  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0448  PDZ/DHR/GLGF domain protein  29.22 
 
 		 347 aa  53.9  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1917  ATP-dependent protease La  46.38 
 
 		 808 aa  53.5  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156821  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1842  ATP-dependent protease La  41.38 
 
 		 811 aa  52.8  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.523368  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00122  mitochondrial ATP-dependent protease (Eurofung)  31.25 
 
 		 932 aa  52  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0111325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1621  ATP-dependent protease La  41.1 
 
 		 815 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0912  ATP-dependent protease La  43.84 
 
 		 796 aa  52  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1169  ATP-dependent protease La  34.02 
 
 		 809 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0714887  normal  0.0235263 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1429  ATP-dependent protease La  37.21 
 
 		 825 aa  52.8  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.067641  normal  0.0902926 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2662  peptidase S1C, Do  35.21 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5273  ATP-dependent protease La  43.84 
 
 		 805 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1033  ATP-dependent protease La  43.84 
 
 		 811 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0951111  hitchhiker  0.0000000189689 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2557  ATP-dependent protease La  39.73 
 
 		 802 aa  52.4  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0122618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0082  Lon-A peptidase  37.21 
 
 		 815 aa  51.6  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1725  ATP-dependent protease La  39.73 
 
 		 814 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000125978  decreased coverage  0.00323118 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0764  ATP-dependent protease La  42.03 
 
 		 774 aa  51.6  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0493  ATP-dependent protease La  36.08 
 
 		 797 aa  51.2  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229233  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0919  ATP-dependent protease La  39.76 
 
 		 813 aa  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124707  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1873  secreted protein containing a PDZ domain  31.03 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1392  ATP-dependent protease La  37.23 
 
 		 800 aa  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0864  peptidase M50  31 
 
 		 380 aa  51.6  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0620  ATP-dependent protease La  36.17 
 
 		 810 aa  50.8  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2806  ATP-dependent protease La  36.14 
 
 		 816 aa  50.4  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000151057  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2204  ATP-dependent protease La  43.48 
 
 		 812 aa  50.4  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1883  Lon-A peptidase  40.58 
 
 		 803 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4930  Sigma 54 interacting domain protein  35.11 
 
 		 652 aa  50.4  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.327719  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0548  ATP-dependent protease La  43.48 
 
 		 807 aa  50.4  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0654617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0379  ATP-dependent protease La  38.16 
 
 		 809 aa  50.4  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00242685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1908  ATP-dependent protease La  39.73 
 
 		 807 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.261934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2293  Lon-A peptidase  39.73 
 
 		 807 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.441771 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1013  ATP-dependent protease La  39.73 
 
 		 805 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0952108  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3350  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 805 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00464678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2479  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 805 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.71727  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2122  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 806 aa  50.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1230  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 805 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1787  peptidase S16, lon domain-containing protein  35.11 
 
 		 628 aa  50.1  0.00006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0389  ATP-dependent protease La  43.42 
 
 		 810 aa  50.1  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00469679  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1955  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 805 aa  50.1  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>