129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0447 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0447  PDZ domain family protein  100 
 
 		 295 aa  608  1e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0480503 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0112  hypothetical protein  56.23 
 
 		 293 aa  291  8e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2463  PDZ/DHR/GLGF domain protein  59.17 
 
 		 441 aa  152  8.999999999999999e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.236943  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27490  predicted secreted protein containing a PDZ domain  58.33 
 
 		 395 aa  151  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2889  PDZ domain-containing protein  59.17 
 
 		 373 aa  148  8e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0792  peptidase S16 lon domain protein  57.5 
 
 		 353 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.746273  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0723  hypothetical protein  40.5 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2953  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  58.47 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0330402  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8344  hypothetical protein  51.67 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.258023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3727  peptidase S16 lon domain protein  55.93 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.551436  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2472  PDZ domain-containing protein  53.85 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000879917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7929  PDZ/DHR/GLGF domain protein  54.63 
 
 		 356 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07640  predicted secreted protein containing a PDZ domain protein  42.14 
 
 		 381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.574561 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1597  PDZ/DHR/GLGF domain protein  44.03 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.376622  normal  0.235489 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1191  PDZ/DHR/GLGF domain protein  47.9 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4111  hypothetical protein  54.72 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.404702  normal  0.0634839 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2750  PDZ domain-containing protein  54.7 
 
 		 387 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.693898  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3797  PDZ domain-containing protein  42.44 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0263048 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11460  predicted secreted protein containing a PDZ domain  47.5 
 
 		 383 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0905061  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19080  predicted secreted protein containing a PDZ domain  51.2 
 
 		 374 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0257465  normal  0.465103 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0475  peptidase S16, lon domain-containing protein  50 
 
 		 394 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0939  PDZ/DHR/GLGF domain protein  47.01 
 
 		 386 aa  113  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0943  peptidase S16 lon domain-containing protein  48.31 
 
 		 348 aa  113  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3730  hypothetical protein  51.89 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4223  hypothetical protein  50.91 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3039  hypothetical protein  49.17 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0539  PDZ domain-containing protein  43.18 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.08903  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3783  PDZ/DHR/GLGF  47.01 
 
 		 345 aa  105  7e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.331008  normal  0.173325 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15020  predicted secreted protein containing a PDZ domain  46.67 
 
 		 353 aa  105  7e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.820333  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1528  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  44.85 
 
 		 354 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.194466  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3489  secreted protein containing a PDZ domain-like protein  48.65 
 
 		 355 aa  104  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.154798  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1414  PDZ/DHR/GLGF  36.87 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1432  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  36.87 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1468  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  36.87 
 
 		 342 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1813  PDZ/DHR/GLGF  42.74 
 
 		 359 aa  99  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0366136 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4655  PDZ/DHR/GLGF  42.74 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4378  secreted protein containing a PDZ domain-like protein  45.1 
 
 		 355 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13214  hypothetical protein  47.86 
 
 		 340 aa  96.3  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.303066 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3685  ATP-dependent protease La  44.07 
 
 		 340 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.145814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3972  PDZ domain-containing protein  42.86 
 
 		 340 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.054386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3838  PDZ domain-containing protein  42.86 
 
 		 340 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.122168  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3668  ATP-dependent protease La  42.86 
 
 		 340 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000638518  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4136  pdz domain-containing protein  42.86 
 
 		 340 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.871143  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3753  peptidase S16 lon domain-containing protein  41.32 
 
 		 341 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0255917  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3941  PDZ domain protein  42.86 
 
 		 340 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4027  PDZ domain protein  41.03 
 
 		 345 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0104876  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4038  PDZ domain protein  41.18 
 
 		 340 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000075262  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1212  PDZ domain protein  38.1 
 
 		 347 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000943409  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1003  PDZ/DHR/GLGF domain protein  40.35 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2629  peptidase S16 lon domain-containing protein  40.17 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000743366  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10180  PDZ/DHR/GLGF domain protein  44.23 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.434283  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1875  PDZ/DHR/GLGF domain protein  36.97 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1352  PDZ/DHR/GLGF domain protein  39.8 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000773296  normal  0.189925 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0455  hypothetical protein  48 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352911  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0642  PDZ domain-containing protein  36.51 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000440565  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2463  protease  40.17 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1258  Lon-like protease  46.05 
 
 		 364 aa  73.6  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.383395  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1612  protease  35.82 
 
 		 358 aa  72.8  0.000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1590  Lon-like protease  36.07 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0001011  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1176  Lon-like protease  42.86 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000375702  hitchhiker  0.0000395779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2845  ATP-dependent protease La  35.46 
 
 		 799 aa  57.4  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128404  normal  0.0142705 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0683  ATP-dependent protease La  27.64 
 
 		 810 aa  52.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0018045  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0116  ATP-dependent protease La  30.34 
 
 		 800 aa  52.4  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1211  Lon-A peptidase  32.35 
 
 		 806 aa  50.8  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.451263 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1130  ATP-dependent protease La  32.35 
 
 		 806 aa  50.8  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1674  peptidase S16, ATP-dependent protease La  25.77 
 
 		 812 aa  50.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.37162  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1933  peptidase S16 lon domain protein  28.76 
 
 		 309 aa  50.1  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.041451  normal  0.46628 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0489  ATP-dependent protease La  27.89 
 
 		 772 aa  49.3  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.263842  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1179  ATP-dependent protease La  29.48 
 
 		 815 aa  48.5  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000610541  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2534  putative ATP-dependent protease La  24.23 
 
 		 670 aa  48.5  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000500974  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3230  ATP-dependent protease La  35.42 
 
 		 818 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924948 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf627  heat shock ATP-dependent protease  26.71 
 
 		 835 aa  48.9  0.0001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.987281  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3193  ATP-dependent protease La  36.17 
 
 		 819 aa  47.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1982  ATP-dependent protease La  29.13 
 
 		 796 aa  47.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2971  ATP-dependent protease  31.54 
 
 		 619 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2649  ATP-dependent protease  31.54 
 
 		 619 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0994  ATP-dependent protease La  27.4 
 
 		 786 aa  47  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0985601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0355  ATP-dependent protease La  28.99 
 
 		 791 aa  47.4  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3214  Lon-A peptidase  35.16 
 
 		 823 aa  47  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115305  hitchhiker  0.000000048524 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2338  ATP-dependent protease La  29.34 
 
 		 803 aa  47  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0304727  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2665  PIM1 peptidase  28.57 
 
 		 815 aa  47  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180346  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1382  ATP-dependent protease La  28.65 
 
 		 776 aa  47  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.122129  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1340  ATP-dependent protease La  29.41 
 
 		 802 aa  46.6  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0924778 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3815  ATP-dependent protease La  30.85 
 
 		 783 aa  47  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0134568  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0549  ATP-dependent protease La  33.68 
 
 		 792 aa  47  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.56565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0934  ATP-dependent protease La  26.75 
 
 		 775 aa  47  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000076135  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0516  ATP-dependent protease La  28.15 
 
 		 779 aa  46.6  0.0005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0485  ATP-dependent protease La  30.28 
 
 		 830 aa  46.6  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0185488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1548  ATP-dependent protease La  27.39 
 
 		 853 aa  46.6  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.984629  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00122  mitochondrial ATP-dependent protease (Eurofung)  31.63 
 
 		 932 aa  46.2  0.0007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0111325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2310  ATP-dependent protease La  32.98 
 
 		 769 aa  46.2  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1644  ATP-dependent protease La  28.65 
 
 		 776 aa  46.2  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265783  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1589  ATP-dependent protease La  32.63 
 
 		 803 aa  46.2  0.0007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0379  ATP-dependent protease La  31.96 
 
 		 809 aa  46.2  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00242685  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3609  ATP-dependent protease La  33.33 
 
 		 805 aa  45.8  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.126707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64463  predicted protein  28.47 
 
 		 935 aa  45.8  0.0008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.658129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0390  ATP-dependent protease La  33.33 
 
 		 800 aa  45.8  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.754053  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3326  ATP-dependent protease La  34.41 
 
 		 837 aa  45.8  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.883072  normal  0.129417 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0691  ATP-dependent protease La  32.98 
 
 		 817 aa  45.8  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000937415  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0620  ATP-dependent protease La  30.83 
 
 		 810 aa  45.8  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>