More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1273 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1273  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  100 
 
 
265 aa  533  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.519707  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2119  undecaprenyl diphosphate synthase  84.03 
 
 
333 aa  425  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1177  undecaprenyl diphosphate synthase  66.14 
 
 
261 aa  350  1e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1961  undecaprenyl diphosphate synthase  64.11 
 
 
275 aa  342  5e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000271521 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1932  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  65.88 
 
 
271 aa  341  5.999999999999999e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.990024  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0796  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  68.77 
 
 
269 aa  339  2.9999999999999998e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.137806 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1664  undecaprenyl diphosphate synthase  70.8 
 
 
250 aa  338  4e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.160795  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2224  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  64.52 
 
 
286 aa  338  5e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.217597  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2336  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  64.96 
 
 
259 aa  338  8e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.14097  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7038  undecaprenyl diphosphate synthase  64.57 
 
 
299 aa  337  9.999999999999999e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0853  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  69.05 
 
 
282 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.563671  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0730  undecaprenyl diphosphate synthase  62.64 
 
 
273 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.312231  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3373  undecaprenyl diphosphate synthase  67.89 
 
 
256 aa  334  7.999999999999999e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.793475  decreased coverage  0.00980293 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3152  undecaprenyl diphosphate synthase  67.47 
 
 
276 aa  332  4e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2756  undecaprenyl diphosphate synthase  61.39 
 
 
271 aa  331  9e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.413102  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13560  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  63.71 
 
 
279 aa  330  2e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2188  undecaprenyl diphosphate synthase  64.92 
 
 
261 aa  329  3e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.126644 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3231  undecaprenyl diphosphate synthase  66.54 
 
 
264 aa  328  7e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0144066  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1256  undecaprenyl diphosphate synthase  60 
 
 
288 aa  327  1.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.598432  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2176  undecaprenyl diphosphate synthase  62.55 
 
 
262 aa  325  6e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.185342  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11790  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  63.86 
 
 
264 aa  323  1e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0184207  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1858  undecaprenyl diphosphate synthase  68.4 
 
 
273 aa  322  4e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00462949  normal  0.0155249 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13650  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  57.77 
 
 
264 aa  322  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.597201  normal  0.462192 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2041  undecaprenyl diphosphate synthase  61.72 
 
 
262 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0238764  normal  0.7492 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17130  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  60.96 
 
 
269 aa  317  1e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3825  undecaprenyl diphosphate synthase  65.08 
 
 
260 aa  310  1e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0278068 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  65.32 
 
 
260 aa  310  2e-83  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.713042  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3446  undecaprenyl diphosphate synthase  64.29 
 
 
270 aa  310  2e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.794901  normal  0.0362391 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12387  undecaprenyl pyrophosphate synthase  59.76 
 
 
296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.258398  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0119  undecaprenyl pyrophosphate synthase  57.09 
 
 
262 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.631384  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0451  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  56.73 
 
 
264 aa  298  7e-80  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.40895 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1767  undecaprenyl diphosphate synthase  65.92 
 
 
228 aa  291  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3449  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.82 
 
 
298 aa  288  6e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.207138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3512  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.82 
 
 
298 aa  288  6e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.198218  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3460  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.82 
 
 
298 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.872209  normal  0.241209 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12280  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  59.36 
 
 
287 aa  281  1e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2714  undecaprenyl diphosphate synthase  56.58 
 
 
230 aa  275  5e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3822  undecaprenyl diphosphate synthase  57.02 
 
 
231 aa  273  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0869311  normal  0.554881 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1266  undecaprenyl diphosphate synthase  57.58 
 
 
241 aa  252  3e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.92 
 
 
233 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000419097  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.95 
 
 
252 aa  232  6e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  51.49 
 
 
257 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.58 
 
 
252 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.19 
 
 
244 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1320  undecaprenyl diphosphate synthase  46.36 
 
 
564 aa  230  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165638  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.43 
 
 
252 aa  229  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  50.43 
 
 
266 aa  229  5e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.64 
 
 
252 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.52 
 
 
245 aa  228  8e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1431  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.34 
 
 
233 aa  228  1e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.2 
 
 
251 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  50.22 
 
 
247 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
252 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  50.22 
 
 
247 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.35 
 
 
256 aa  225  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0326  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.67 
 
 
255 aa  224  7e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1800  undecaprenyl diphosphate synthase  43.09 
 
 
268 aa  224  1e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00302341  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0361  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.25 
 
 
255 aa  223  2e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0244  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.86 
 
 
249 aa  222  6e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000856656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  45.45 
 
 
248 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4435  undecaprenyl diphosphate synthase  48.92 
 
 
255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000718481 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1712  undecaprenyl diphosphate synthase  44.26 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.978345 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0464  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  45.65 
 
 
285 aa  219  3e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  50.87 
 
 
259 aa  219  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.47 
 
 
252 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  50.87 
 
 
259 aa  219  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1402  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.33 
 
 
222 aa  218  7.999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.468753  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0583  undecaprenyl diphosphate synthase  49.34 
 
 
264 aa  217  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.96 
 
 
253 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.96 
 
 
253 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  47.21 
 
 
266 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1423  undecaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
254 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.241694  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  44.44 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2045  undecaprenyl diphosphate synthase  50.43 
 
 
259 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  0.172176 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1516  undecaprenyl diphosphate synthase  45.3 
 
 
234 aa  216  4e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.16 
 
 
248 aa  215  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  43.48 
 
 
282 aa  214  9e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1533  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  43.4 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.554505  normal  0.0200658 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  44.54 
 
 
240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1501  undecaprenyl diphosphate synthase  43.67 
 
 
239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2471  undecaprenyl diphosphate synthase  45.82 
 
 
259 aa  212  4.9999999999999996e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  48.16 
 
 
247 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.16 
 
 
247 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  45.71 
 
 
243 aa  210  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  42.26 
 
 
246 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0633  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
267 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.0130228 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  42.04 
 
 
276 aa  209  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1750  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  42.98 
 
 
291 aa  209  3e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.283894 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.62 
 
 
241 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  46.55 
 
 
247 aa  209  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2801  undecaprenyl diphosphate synthase  47.84 
 
 
259 aa  209  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0010789  normal  0.698237 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  41.56 
 
 
257 aa  209  5e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  46.72 
 
 
254 aa  209  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1844  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  43.98 
 
 
243 aa  208  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.81514 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0566  undecaprenyl pyrophosphate synthase  43.42 
 
 
238 aa  208  7e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.8 
 
 
251 aa  208  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.6 
 
 
237 aa  208  7e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  45.65 
 
 
253 aa  208  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0464  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.12 
 
 
248 aa  208  9e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>