More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2824 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  97.22 
 
 
252 aa  497  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  92.86 
 
 
252 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  88.49 
 
 
252 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  85.32 
 
 
252 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  84.13 
 
 
252 aa  428  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  84.65 
 
 
251 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4435  undecaprenyl diphosphate synthase  64.63 
 
 
255 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000718481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  66.38 
 
 
266 aa  325  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  67.23 
 
 
257 aa  320  9.000000000000001e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  63.25 
 
 
254 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  63.25 
 
 
255 aa  306  3e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  62.13 
 
 
237 aa  304  8.000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  64.19 
 
 
254 aa  304  9.000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  64.19 
 
 
254 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0633  undecaprenyl diphosphate synthase  66.38 
 
 
267 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.0130228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  63.79 
 
 
259 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  63.79 
 
 
259 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  60.79 
 
 
244 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3833  undecaprenyl diphosphate synthase  63.09 
 
 
260 aa  295  4e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0123862 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  59.07 
 
 
247 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  58.65 
 
 
247 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  58.3 
 
 
248 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2045  undecaprenyl diphosphate synthase  64.96 
 
 
259 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  0.172176 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  58.4 
 
 
252 aa  292  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  56.71 
 
 
245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2555  undecaprenyl diphosphate synthase  58.67 
 
 
254 aa  263  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0643288  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  54.08 
 
 
261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0369  undecaprenyl diphosphate synthase  52.46 
 
 
254 aa  252  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0423847  normal  0.155324 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  49.35 
 
 
248 aa  251  6e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  51.05 
 
 
243 aa  249  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13560  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.28 
 
 
279 aa  248  5e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1177  undecaprenyl diphosphate synthase  52 
 
 
261 aa  248  6e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.3 
 
 
233 aa  248  9e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000419097  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1433  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  45.42 
 
 
247 aa  244  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0476223  normal  0.0410509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.86 
 
 
251 aa  244  8e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4944  undecaprenyl diphosphate synthase  51.26 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.371798 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2188  undecaprenyl diphosphate synthase  51.3 
 
 
261 aa  243  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.126644 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.54 
 
 
256 aa  241  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.78 
 
 
241 aa  240  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.65 
 
 
257 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1844  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.35 
 
 
243 aa  240  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.81514 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1516  undecaprenyl diphosphate synthase  49.57 
 
 
234 aa  240  2e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2624  undecaprenyl diphosphate synthase  48.92 
 
 
240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000140477  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1001  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.13 
 
 
252 aa  239  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000193058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  49.57 
 
 
266 aa  238  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 
259 aa  239  5e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.63 
 
 
246 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0610  undecaprenyl diphosphate synthase  48.7 
 
 
252 aa  237  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0464  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.51 
 
 
248 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.39 
 
 
253 aa  236  3e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.39 
 
 
253 aa  236  3e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
276 aa  235  6e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1145  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.57 
 
 
258 aa  234  8e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000692152  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1393  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.67 
 
 
260 aa  234  9e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  50.44 
 
 
262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09951  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
265 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801732 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.51 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  49.14 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1501  undecaprenyl diphosphate synthase  45.65 
 
 
239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3373  undecaprenyl diphosphate synthase  50.43 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.793475  decreased coverage  0.00980293 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1431  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.08 
 
 
233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  44.54 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3455  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.34 
 
 
246 aa  233  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2224  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.37 
 
 
286 aa  232  5e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.217597  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  46.05 
 
 
282 aa  231  6e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2801  undecaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
259 aa  231  7.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0010789  normal  0.698237 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  46.81 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  48.72 
 
 
236 aa  231  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.766228  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4433  undecaprenyl diphosphate synthase  48.28 
 
 
245 aa  231  9e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0578119  normal  0.595421 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.56 
 
 
249 aa  231  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0617  undecaprenyl diphosphate synthase  45.3 
 
 
245 aa  230  1e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1320  undecaprenyl pyrophosphate synthase  43.83 
 
 
256 aa  230  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.524294  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  44.96 
 
 
249 aa  230  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1346  undecaprenyl pyrophosphate synthase  43.83 
 
 
256 aa  230  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000376647  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1932  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 
271 aa  229  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.990024  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11831  undecaprenyl pyrophosphate synthase  38.46 
 
 
267 aa  230  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1103  undecaprenyl pyrophosphate synthase  41.1 
 
 
267 aa  229  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1961  undecaprenyl diphosphate synthase  47.77 
 
 
275 aa  229  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000271521 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0886  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  46.81 
 
 
257 aa  229  4e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000056248  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.37 
 
 
256 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  48.05 
 
 
240 aa  228  5e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  47.62 
 
 
253 aa  228  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3705  undecaprenyl diphosphate synthase  45.31 
 
 
256 aa  228  5e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.153678  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1256  undecaprenyl diphosphate synthase  48.54 
 
 
288 aa  228  6e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.598432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.35 
 
 
246 aa  228  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  45.73 
 
 
246 aa  228  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10941  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.83 
 
 
266 aa  228  7e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.291205  normal  0.66612 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0326  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.48 
 
 
255 aa  228  7e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0361  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.48 
 
 
255 aa  228  8e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0612  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  44.98 
 
 
237 aa  227  1e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.204719  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2475  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.65 
 
 
258 aa  227  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000367791  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1541  undecaprenyl diphosphate synthase  44.98 
 
 
237 aa  227  1e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1923  undecaprenyl diphosphate synthase  54.55 
 
 
234 aa  227  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3929  undecaprenyl diphosphate synthase  48.29 
 
 
236 aa  226  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.709304  normal  0.124781 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1423  undecaprenyl diphosphate synthase  46.12 
 
 
254 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.241694  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.15 
 
 
247 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  47.68 
 
 
260 aa  227  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11981  undecaprenyl pyrophosphate synthase  41.18 
 
 
267 aa  226  2e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  48.15 
 
 
247 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>