More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1412 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  100 
 
 
256 aa  526  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  74.58 
 
 
243 aa  358  3e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  74.14 
 
 
241 aa  358  4e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  59.67 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  59.67 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2151  undecaprenyl diphosphate synthase  61.18 
 
 
245 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.700435  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3995  undecaprenyl diphosphate synthase  58.47 
 
 
244 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.699417  normal  0.221375 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.77 
 
 
244 aa  255  5e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.4 
 
 
245 aa  252  5.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.25 
 
 
251 aa  244  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.98 
 
 
252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2624  undecaprenyl diphosphate synthase  49.34 
 
 
240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000140477  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  51.68 
 
 
254 aa  242  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.4 
 
 
251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.08 
 
 
252 aa  241  6e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  51.08 
 
 
253 aa  241  7.999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.54 
 
 
252 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52 
 
 
252 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  48.05 
 
 
248 aa  240  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  51.1 
 
 
247 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  48.05 
 
 
272 aa  240  2e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  51.54 
 
 
247 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
276 aa  238  9e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.65 
 
 
249 aa  238  9e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.08 
 
 
249 aa  237  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1001  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.25 
 
 
252 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000193058  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.99 
 
 
252 aa  237  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  49.35 
 
 
282 aa  236  2e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.91 
 
 
256 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  49.34 
 
 
256 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
252 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
254 aa  236  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
249 aa  235  4e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.92 
 
 
253 aa  236  4e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.92 
 
 
253 aa  236  4e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
254 aa  235  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1393  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.66 
 
 
260 aa  235  6e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  50.41 
 
 
261 aa  235  6e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.57 
 
 
252 aa  234  9e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  46.94 
 
 
276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0844  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.46 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
246 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1917  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.57 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1423  undecaprenyl diphosphate synthase  47.77 
 
 
254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.241694  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0464  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  48.09 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0177  undecaprenyl diphosphate synthase  48.68 
 
 
244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000336524  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  49 
 
 
257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4433  undecaprenyl diphosphate synthase  49.35 
 
 
245 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0578119  normal  0.595421 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0167  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
252 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00639838  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0447  undecaprenyl diphosphate synthase  47.83 
 
 
251 aa  233  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00576081  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  48.93 
 
 
240 aa  233  3e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3674  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.56489  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3564  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3582  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3961  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3870  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.386864  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3835  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.87 
 
 
259 aa  232  5e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  49.34 
 
 
266 aa  232  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3429  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
252 aa  231  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0176  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
252 aa  231  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000145579  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.58 
 
 
248 aa  231  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0178  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
252 aa  231  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405538  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00172  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0442077  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3864  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.71 
 
 
258 aa  231  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.281196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00171  hypothetical protein  49.78 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3486  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000338142  normal  0.111087 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  50.66 
 
 
246 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0184  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0185  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0180399  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1633  undecaprenyl diphosphate synthase  48.47 
 
 
275 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.6 
 
 
257 aa  231  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.09 
 
 
246 aa  231  9e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
247 aa  230  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
251 aa  231  1e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2637  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.47 
 
 
275 aa  230  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000140247  normal  0.0415096 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1462  undecaprenyl diphosphate synthase  52.4 
 
 
259 aa  230  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.101817  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2811  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.47 
 
 
275 aa  230  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000658443  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1433  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  44.54 
 
 
247 aa  230  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0476223  normal  0.0410509 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.57 
 
 
255 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3921  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.84 
 
 
257 aa  229  3e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.878425  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.62 
 
 
237 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1323  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.84 
 
 
258 aa  229  4e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.364051  hitchhiker  0.000000000000272675 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2475  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.55 
 
 
258 aa  228  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000367791  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  48.48 
 
 
253 aa  228  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1558  undecaprenyl diphosphate synthase  48.03 
 
 
271 aa  229  5e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445031  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
259 aa  228  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
259 aa  228  5e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4734  undecaprenyl diphosphate synthase  47.14 
 
 
249 aa  228  6e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3646  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.98 
 
 
258 aa  228  6e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0097469  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0914  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.58 
 
 
249 aa  228  7e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2704  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.03 
 
 
275 aa  228  8e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000108534  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1352  undecaprenyl diphosphate synthase  48.03 
 
 
275 aa  228  8e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000127906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  48.03 
 
 
264 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0361  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.26 
 
 
255 aa  226  2e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  47.39 
 
 
266 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3193  undecaprenyl diphosphate synthase  49.13 
 
 
250 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10941  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.75 
 
 
266 aa  226  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.291205  normal  0.66612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2975  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>