More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1495 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
243 aa  498  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  74.58 
 
 
256 aa  358  3e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  69.75 
 
 
241 aa  345  3e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  62.98 
 
 
247 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  62.98 
 
 
247 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2151  undecaprenyl diphosphate synthase  60.08 
 
 
245 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.700435  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3995  undecaprenyl diphosphate synthase  60.76 
 
 
244 aa  280  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.699417  normal  0.221375 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  53.94 
 
 
254 aa  270  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.15 
 
 
245 aa  256  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.92 
 
 
244 aa  255  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  51.97 
 
 
247 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.36 
 
 
252 aa  251  8.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.72 
 
 
252 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  51.97 
 
 
247 aa  249  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.05 
 
 
252 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.63 
 
 
252 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.04 
 
 
251 aa  248  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.63 
 
 
252 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.97 
 
 
254 aa  247  9e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.97 
 
 
254 aa  247  2e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.54 
 
 
252 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
266 aa  245  4.9999999999999997e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.66 
 
 
237 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  50.63 
 
 
261 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.92 
 
 
252 aa  240  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  51.97 
 
 
257 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.09 
 
 
255 aa  238  5.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2624  undecaprenyl diphosphate synthase  46.29 
 
 
240 aa  236  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000140477  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  51.32 
 
 
259 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  51.32 
 
 
259 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  234  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  48.93 
 
 
282 aa  234  7e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.91 
 
 
249 aa  234  7e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  47.72 
 
 
253 aa  234  9e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1393  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.74 
 
 
260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.72 
 
 
248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0464  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.63 
 
 
248 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1423  undecaprenyl diphosphate synthase  51.09 
 
 
254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.241694  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  48.02 
 
 
272 aa  232  5e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  48.5 
 
 
266 aa  231  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2451  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
260 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351956  hitchhiker  0.00162806 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2975  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
253 aa  230  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  46.52 
 
 
248 aa  230  1e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  51.06 
 
 
251 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  51.06 
 
 
251 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1150  undecaprenyl diphosphate synthase  51.06 
 
 
251 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.4 
 
 
259 aa  229  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  51.1 
 
 
260 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1686  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.88 
 
 
260 aa  229  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184494 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.08 
 
 
246 aa  230  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2555  undecaprenyl diphosphate synthase  50.22 
 
 
254 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0643288  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  48.07 
 
 
247 aa  229  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0369  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
254 aa  229  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0423847  normal  0.155324 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0167  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
252 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00639838  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  49.79 
 
 
261 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3355  undecaprenyl diphosphate synthase  49.57 
 
 
253 aa  229  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0813466  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2675  undecaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
242 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.93656  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  49.34 
 
 
246 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0326  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.34 
 
 
255 aa  229  3e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00172  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
253 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0442077  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00171  hypothetical protein  48.57 
 
 
253 aa  228  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3486  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
253 aa  228  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000338142  normal  0.111087 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1261  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.42 
 
 
255 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.604187 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0184  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
253 aa  228  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0185  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
253 aa  228  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0180399  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3429  undecaprenyl diphosphate synthase  48.57 
 
 
252 aa  228  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278251  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  48.46 
 
 
276 aa  228  5e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0178  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
252 aa  228  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0176  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.57 
 
 
252 aa  228  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000145579  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.7 
 
 
257 aa  228  5e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  47.6 
 
 
246 aa  228  7e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3193  undecaprenyl diphosphate synthase  48.25 
 
 
250 aa  228  7e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1975  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.11 
 
 
258 aa  228  8e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.100938 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
260 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2489  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
260 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0243  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.79 
 
 
252 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0246  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.79 
 
 
252 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.704245 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0259  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.79 
 
 
252 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.324297 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0261  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.79 
 
 
252 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00664761  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0243  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.79 
 
 
252 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.296524 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.63 
 
 
249 aa  227  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3929  undecaprenyl diphosphate synthase  47.83 
 
 
236 aa  227  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.709304  normal  0.124781 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1001  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.16 
 
 
252 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000193058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0447  undecaprenyl diphosphate synthase  49.14 
 
 
251 aa  227  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00576081  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0946  undecaprenyl diphosphate synthase  49.15 
 
 
253 aa  227  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
251 aa  227  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  48.02 
 
 
266 aa  227  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1917  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.05 
 
 
246 aa  226  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  51.98 
 
 
262 aa  227  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.66 
 
 
249 aa  226  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
260 aa  226  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  48.9 
 
 
251 aa  226  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.81385e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  47.21 
 
 
276 aa  226  2e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0177  undecaprenyl diphosphate synthase  47.81 
 
 
244 aa  226  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000336524  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  50.66 
 
 
260 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3455  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.64 
 
 
246 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2433  undecaprenyl diphosphate synthase  50.44 
 
 
260 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0292825  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1462  undecaprenyl diphosphate synthase  51.95 
 
 
259 aa  226  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.101817  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0398  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.64 
 
 
282 aa  226  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>