More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3995 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3995  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
244 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.699417  normal  0.221375 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  71.07 
 
 
247 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  71.07 
 
 
247 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2151  undecaprenyl diphosphate synthase  71.49 
 
 
245 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.700435  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  60.76 
 
 
243 aa  291  7e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  60.26 
 
 
241 aa  276  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  58.47 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.97 
 
 
237 aa  236  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  54.15 
 
 
257 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  53.74 
 
 
236 aa  232  5e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.766228  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3929  undecaprenyl diphosphate synthase  52.86 
 
 
236 aa  229  4e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.709304  normal  0.124781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  51.09 
 
 
254 aa  227  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1746  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.58 
 
 
253 aa  227  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.15 
 
 
259 aa  226  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
247 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.75 
 
 
245 aa  226  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0177  undecaprenyl diphosphate synthase  51.33 
 
 
244 aa  225  4e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000336524  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  51.98 
 
 
259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  51.98 
 
 
259 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
247 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.03 
 
 
249 aa  224  7e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3193  undecaprenyl diphosphate synthase  48.02 
 
 
250 aa  224  9e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1917  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.39 
 
 
246 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3705  undecaprenyl diphosphate synthase  47.74 
 
 
256 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.153678  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0886  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  48.48 
 
 
257 aa  224  1e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000056248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0633  undecaprenyl diphosphate synthase  53.56 
 
 
267 aa  223  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.0130228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
266 aa  223  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4435  undecaprenyl diphosphate synthase  48.26 
 
 
255 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000718481 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.74 
 
 
251 aa  223  3e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
260 aa  221  8e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.37 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0529  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
241 aa  220  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  50.44 
 
 
260 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1956  undecaprenyl diphosphate synthase  53.25 
 
 
228 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.19 
 
 
253 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.19 
 
 
253 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.56 
 
 
252 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1393  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.21 
 
 
260 aa  218  6e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2451  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351956  hitchhiker  0.00162806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4944  undecaprenyl diphosphate synthase  52 
 
 
248 aa  217  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.371798 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.68 
 
 
252 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1973  undecaprenyl diphosphate synthase  45.89 
 
 
263 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  47.37 
 
 
240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2489  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.37 
 
 
248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.36 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1631  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.28 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.060942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.15 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1686  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.23 
 
 
260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184494 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0128  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.56 
 
 
249 aa  215  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2035  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6062  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385081  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  48.23 
 
 
260 aa  214  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2801  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
259 aa  214  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0010789  normal  0.698237 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
254 aa  214  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  47.6 
 
 
266 aa  214  8e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2433  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0292825  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1324  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.134804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1551  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5325  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.67 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00863948  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2048  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3259  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540086  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2052  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
260 aa  214  9e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
254 aa  214  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  47.01 
 
 
251 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.81385e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.9 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.35 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2045  undecaprenyl diphosphate synthase  51.97 
 
 
259 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  0.172176 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  45.92 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0610  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148358  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2675  undecaprenyl diphosphate synthase  45.37 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.93656  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.34 
 
 
252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1439  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.28 
 
 
256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000108865 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09951  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.42 
 
 
265 aa  213  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801732 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0661  undecaprenyl diphosphate synthase  45.45 
 
 
265 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.896818  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.46 
 
 
233 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000419097  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3833  undecaprenyl diphosphate synthase  49.56 
 
 
260 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0123862 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0125  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.12 
 
 
249 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.312961  normal  0.0375757 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1501  undecaprenyl diphosphate synthase  46.05 
 
 
239 aa  211  7.999999999999999e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1423  undecaprenyl diphosphate synthase  48.13 
 
 
254 aa  211  1e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.241694  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10941  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.92 
 
 
266 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.291205  normal  0.66612 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3455  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.58 
 
 
246 aa  210  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2555  undecaprenyl diphosphate synthase  49.12 
 
 
254 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0643288  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  47.14 
 
 
246 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1516  undecaprenyl diphosphate synthase  47.6 
 
 
234 aa  209  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0566  undecaprenyl pyrophosphate synthase  44.93 
 
 
238 aa  210  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1877  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  45.45 
 
 
261 aa  209  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1373  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.58 
 
 
236 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0884424  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1526  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.79 
 
 
250 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00254317  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2691  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.23 
 
 
246 aa  209  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.633794  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.12 
 
 
255 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0542  undecaprenyl pyrophosphate synthase  44.93 
 
 
238 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0812  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  46.78 
 
 
252 aa  209  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.22 
 
 
246 aa  209  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0447  undecaprenyl diphosphate synthase  45.85 
 
 
251 aa  209  4e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00576081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.68 
 
 
244 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1844  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  44.83 
 
 
243 aa  209  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.81514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>