More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2048 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
260 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2048  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
260 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5325  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  97.69 
 
 
260 aa  525  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00863948  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2035  undecaprenyl diphosphate synthase  98.08 
 
 
260 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6062  undecaprenyl diphosphate synthase  98.08 
 
 
260 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385081  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  98.08 
 
 
260 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  96.54 
 
 
260 aa  518  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2433  undecaprenyl diphosphate synthase  89.23 
 
 
260 aa  484  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0292825  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  89.23 
 
 
260 aa  484  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  88.85 
 
 
260 aa  486  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2489  undecaprenyl diphosphate synthase  89.23 
 
 
260 aa  484  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3259  undecaprenyl diphosphate synthase  88.85 
 
 
260 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540086  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1551  undecaprenyl diphosphate synthase  88.85 
 
 
260 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1324  undecaprenyl diphosphate synthase  88.85 
 
 
260 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.134804  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2052  undecaprenyl diphosphate synthase  88.85 
 
 
260 aa  482  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1686  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  86.54 
 
 
260 aa  470  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184494 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2451  undecaprenyl diphosphate synthase  86.15 
 
 
260 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351956  hitchhiker  0.00162806 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  85.38 
 
 
260 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1877  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  71.37 
 
 
261 aa  371  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1439  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  69.76 
 
 
256 aa  364  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000108865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1346  undecaprenyl diphosphate synthase  69.92 
 
 
258 aa  362  3e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0661425  normal  0.552617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1282  undecaprenyl diphosphate synthase  69.53 
 
 
258 aa  361  6e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.222938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1408  undecaprenyl pyrophosphate synthetase protein  66.27 
 
 
258 aa  348  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1746  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  64.63 
 
 
253 aa  342  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2174  undecaprenyl diphosphate synthase  64.78 
 
 
255 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0790587  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0661  undecaprenyl diphosphate synthase  61.35 
 
 
265 aa  331  6e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.896818  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1447  undecaprenyl diphosphate synthase  60.32 
 
 
257 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0511  undecaprenyl diphosphate synthase  61.2 
 
 
257 aa  325  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0663424  normal  0.27617 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1526  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  64.63 
 
 
250 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00254317  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2544  undecaprenyl diphosphate synthase  59.57 
 
 
256 aa  296  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17110  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  58.92 
 
 
251 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.608535  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1487  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  58.92 
 
 
251 aa  291  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0789  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  65.69 
 
 
245 aa  290  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.972359  normal  0.122515 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  57.59 
 
 
262 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1150  undecaprenyl diphosphate synthase  58.65 
 
 
251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4078  undecaprenyl diphosphate synthase  58.23 
 
 
251 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.24707 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  58.65 
 
 
251 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  58.65 
 
 
251 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  54.36 
 
 
264 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1558  undecaprenyl diphosphate synthase  54.44 
 
 
271 aa  281  9e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445031  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3049  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  58.02 
 
 
248 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1281  undecaprenyl diphosphate synthase  55.79 
 
 
244 aa  280  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000016343  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2881  undecaprenyl diphosphate synthase  56.36 
 
 
266 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  57.81 
 
 
251 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.950032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  54.77 
 
 
256 aa  277  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1454  undecaprenyl diphosphate synthase  52.99 
 
 
275 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000365113  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2898  undecaprenyl diphosphate synthase  52.99 
 
 
275 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00271484  normal  0.168687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1347  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  57.81 
 
 
251 aa  276  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230292  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1449  undecaprenyl diphosphate synthase  52.99 
 
 
275 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000030821  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1485  undecaprenyl diphosphate synthase  52.99 
 
 
275 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335348  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.89 
 
 
257 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2704  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.08 
 
 
275 aa  275  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000108534  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0812  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  57.2 
 
 
252 aa  275  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1352  undecaprenyl diphosphate synthase  55.08 
 
 
275 aa  275  6e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000127906  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2637  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.08 
 
 
275 aa  275  6e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000140247  normal  0.0415096 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2811  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.08 
 
 
275 aa  275  6e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000658443  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  55.93 
 
 
266 aa  275  7e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1105  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  58.05 
 
 
251 aa  274  9e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.177859  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002750  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.85 
 
 
251 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0104222  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1633  undecaprenyl diphosphate synthase  54.66 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3157  di-trans, poly-cis-decaprenylcistransferase  54.66 
 
 
264 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0130117  normal  0.0586851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1762  undecaprenyl diphosphate synthase  53.65 
 
 
240 aa  270  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430712  normal  0.0678846 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2631  undecaprenyl diphosphate synthase  54.66 
 
 
263 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000342439  normal  0.527492 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3193  undecaprenyl diphosphate synthase  53.28 
 
 
250 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03233  undecaprenyl diphosphate synthase  54.01 
 
 
251 aa  269  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1274  undecaprenyl diphosphate synthase  55.04 
 
 
274 aa  269  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.278229  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  55.36 
 
 
261 aa  267  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2675  undecaprenyl diphosphate synthase  54.55 
 
 
242 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.93656  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0983  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.19 
 
 
241 aa  265  5.999999999999999e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017531  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1227  undecaprenyl diphosphate synthase  54.2 
 
 
244 aa  263  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0880446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1557  undecaprenyl diphosphate synthase  51.81 
 
 
254 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243823  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4944  undecaprenyl diphosphate synthase  53.16 
 
 
248 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.371798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2691  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.3 
 
 
246 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.633794  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2581  undecaprenyl diphosphate synthase  54.2 
 
 
244 aa  262  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.181567  normal  0.0357168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38950  undecaprenyl diphosphate synthase  56.49 
 
 
251 aa  261  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.522438  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1827  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.13 
 
 
247 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.901337 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.76 
 
 
257 aa  260  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2603  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
247 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3355  undecaprenyl diphosphate synthase  54.94 
 
 
253 aa  259  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0813466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0946  undecaprenyl diphosphate synthase  53.31 
 
 
253 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2975  undecaprenyl diphosphate synthase  53.88 
 
 
253 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2846  undecaprenyl diphosphate synthase  49 
 
 
257 aa  255  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1071  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.74 
 
 
252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00176842  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1018  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.74 
 
 
252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000425553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3430  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.74 
 
 
252 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00762584  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  53.97 
 
 
261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  52.56 
 
 
246 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  49.79 
 
 
272 aa  251  9.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1164  undecaprenyl diphosphate synthase  57.45 
 
 
253 aa  250  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3785  undecaprenyl diphosphate synthase  53.68 
 
 
252 aa  250  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218276  hitchhiker  0.00197218 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  50.21 
 
 
240 aa  250  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1975  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.55 
 
 
258 aa  250  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.100938 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  49.59 
 
 
276 aa  249  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0167  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.81 
 
 
252 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00639838  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2972  undecaprenyl diphosphate synthase  52.16 
 
 
259 aa  249  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.906819 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1448  undecaprenyl diphosphate synthase  57.26 
 
 
243 aa  248  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00171  hypothetical protein  50.81 
 
 
253 aa  248  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0185  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.81 
 
 
253 aa  248  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0180399  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0184  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.81 
 
 
253 aa  248  8e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3486  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.81 
 
 
253 aa  248  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000338142  normal  0.111087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>