More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2603 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2603  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
247 aa  505  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4944  undecaprenyl diphosphate synthase  74.89 
 
 
248 aa  370  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.371798 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2691  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  69.96 
 
 
246 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.633794  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1827  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  70.54 
 
 
247 aa  360  9e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.901337 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1227  undecaprenyl diphosphate synthase  73.8 
 
 
244 aa  360  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0880446  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1762  undecaprenyl diphosphate synthase  68.51 
 
 
240 aa  359  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430712  normal  0.0678846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2581  undecaprenyl diphosphate synthase  73.36 
 
 
244 aa  358  4e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.181567  normal  0.0357168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1442  undecaprenyl diphosphate synthase  72.05 
 
 
243 aa  318  6e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.23732 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0661  undecaprenyl diphosphate synthase  50.61 
 
 
265 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.896818  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1746  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.48 
 
 
253 aa  265  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2846  undecaprenyl diphosphate synthase  52.26 
 
 
257 aa  265  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  53.22 
 
 
260 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2451  undecaprenyl diphosphate synthase  54.51 
 
 
260 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351956  hitchhiker  0.00162806 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1408  undecaprenyl pyrophosphate synthetase protein  53.36 
 
 
258 aa  262  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1439  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.45 
 
 
256 aa  262  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000108865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1346  undecaprenyl diphosphate synthase  55.41 
 
 
258 aa  261  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0661425  normal  0.552617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1282  undecaprenyl diphosphate synthase  54.98 
 
 
258 aa  261  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.222938 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1975  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  56.73 
 
 
258 aa  261  8e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.100938 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1877  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.23 
 
 
261 aa  260  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  52.08 
 
 
260 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1686  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.65 
 
 
260 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184494 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
260 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2048  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
260 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2035  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
260 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6062  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
260 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385081  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  52.92 
 
 
260 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5325  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.92 
 
 
260 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00863948  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2174  undecaprenyl diphosphate synthase  51.48 
 
 
255 aa  257  9e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0790587  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0789  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.84 
 
 
245 aa  257  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.972359  normal  0.122515 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  52.36 
 
 
260 aa  255  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1526  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.08 
 
 
250 aa  255  5e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00254317  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1281  undecaprenyl diphosphate synthase  49.58 
 
 
244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000016343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  52.36 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2433  undecaprenyl diphosphate synthase  52.36 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0292825  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2489  undecaprenyl diphosphate synthase  52.36 
 
 
260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  52.34 
 
 
262 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.28 
 
 
257 aa  252  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1551  undecaprenyl diphosphate synthase  51.93 
 
 
260 aa  251  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3259  undecaprenyl diphosphate synthase  51.93 
 
 
260 aa  251  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540086  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1324  undecaprenyl diphosphate synthase  51.93 
 
 
260 aa  251  7e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.134804  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2052  undecaprenyl diphosphate synthase  51.93 
 
 
260 aa  251  7e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  51.25 
 
 
261 aa  249  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17110  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.42 
 
 
251 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.608535  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1150  undecaprenyl diphosphate synthase  49.16 
 
 
251 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1487  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.42 
 
 
251 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  49.16 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  49.16 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4078  undecaprenyl diphosphate synthase  48.74 
 
 
251 aa  245  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.24707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  48.74 
 
 
251 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.950032  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1347  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  48.74 
 
 
251 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230292  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  47.88 
 
 
264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2631  undecaprenyl diphosphate synthase  49.15 
 
 
263 aa  242  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000342439  normal  0.527492 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1447  undecaprenyl diphosphate synthase  48.32 
 
 
257 aa  242  5e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.61 
 
 
257 aa  241  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3049  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.17 
 
 
248 aa  241  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1800  undecaprenyl diphosphate synthase  47.74 
 
 
268 aa  241  7e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00302341  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  50.42 
 
 
266 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0511  undecaprenyl diphosphate synthase  47.48 
 
 
257 aa  239  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0663424  normal  0.27617 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0326  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.56 
 
 
255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1557  undecaprenyl diphosphate synthase  49.36 
 
 
254 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243823  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2972  undecaprenyl diphosphate synthase  46.89 
 
 
259 aa  238  5e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.906819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1105  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.06 
 
 
251 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.177859  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  47.92 
 
 
246 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0361  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.56 
 
 
255 aa  237  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3157  di-trans, poly-cis-decaprenylcistransferase  47.03 
 
 
264 aa  236  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0130117  normal  0.0586851 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1558  undecaprenyl diphosphate synthase  47.88 
 
 
271 aa  237  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445031  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0566  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.69 
 
 
238 aa  235  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2675  undecaprenyl diphosphate synthase  48.09 
 
 
242 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.93656  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  49.79 
 
 
257 aa  235  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0542  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.69 
 
 
238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2704  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.72 
 
 
275 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000108534  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0812  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  46.47 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.66 
 
 
259 aa  233  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2881  undecaprenyl diphosphate synthase  49.57 
 
 
266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  45.53 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2637  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.72 
 
 
275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000140247  normal  0.0415096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1274  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
274 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.278229  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2435  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.37 
 
 
244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000170517  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2811  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.72 
 
 
275 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000658443  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1261  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.69 
 
 
255 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.604187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1633  undecaprenyl diphosphate synthase  48.72 
 
 
275 aa  233  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2801  undecaprenyl diphosphate synthase  48.1 
 
 
259 aa  232  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0010789  normal  0.698237 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002750  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.19 
 
 
251 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0104222  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  46.64 
 
 
261 aa  231  8.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  45.53 
 
 
272 aa  230  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38950  undecaprenyl diphosphate synthase  49.15 
 
 
251 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.522438  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1352  undecaprenyl diphosphate synthase  48.72 
 
 
275 aa  229  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000127906  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1485  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335348  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2898  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00271484  normal  0.168687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1454  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000365113  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1449  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000030821  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1164  undecaprenyl diphosphate synthase  49.38 
 
 
253 aa  229  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3193  undecaprenyl diphosphate synthase  46.15 
 
 
250 aa  229  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0231414 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1448  undecaprenyl diphosphate synthase  49.38 
 
 
243 aa  229  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  48.92 
 
 
253 aa  228  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  43.7 
 
 
282 aa  228  5e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.06 
 
 
252 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2975  undecaprenyl diphosphate synthase  48.05 
 
 
253 aa  227  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03233  undecaprenyl diphosphate synthase  45.34 
 
 
251 aa  227  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  45.96 
 
 
253 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>