More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0433 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 
282 aa  590  1e-167  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  72.46 
 
 
276 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1750  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  72.53 
 
 
291 aa  432  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.283894 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0398  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  68.09 
 
 
282 aa  427  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216703  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0464  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  69.82 
 
 
285 aa  420  1e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  65.58 
 
 
276 aa  395  1e-109  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  64.79 
 
 
272 aa  382  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1960  undecaprenyl diphosphate synthase  54.26 
 
 
273 aa  301  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.592737  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  54.01 
 
 
253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.47 
 
 
257 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  53.62 
 
 
246 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4433  undecaprenyl diphosphate synthase  52.54 
 
 
245 aa  277  1e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0578119  normal  0.595421 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03233  undecaprenyl diphosphate synthase  51.91 
 
 
251 aa  272  4.0000000000000004e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3411  undecaprenyl pyrophosphate synthetase (di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase)  51.68 
 
 
260 aa  271  8.000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.7 
 
 
249 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.19 
 
 
256 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002750  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.06 
 
 
251 aa  269  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0104222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  50.86 
 
 
247 aa  268  8e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4387  undecaprenyl diphosphate synthase  50.21 
 
 
250 aa  267  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.88 
 
 
246 aa  266  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  51.68 
 
 
261 aa  266  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.27 
 
 
249 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1557  undecaprenyl diphosphate synthase  48.54 
 
 
254 aa  265  5e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243823  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  50.64 
 
 
256 aa  265  7e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1917  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.46 
 
 
246 aa  264  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1691  undecaprenyl diphosphate synthase  50.21 
 
 
246 aa  264  1e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.37 
 
 
257 aa  261  8.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  51.05 
 
 
251 aa  260  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.81385e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1973  undecaprenyl diphosphate synthase  48.12 
 
 
263 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0781  hypothetical protein  47.2 
 
 
288 aa  259  4e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0190  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.25 
 
 
254 aa  258  7e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.763759 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.6 
 
 
253 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.6 
 
 
253 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  52.36 
 
 
240 aa  256  2e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3157  di-trans, poly-cis-decaprenylcistransferase  48.72 
 
 
264 aa  256  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0130117  normal  0.0586851 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1558  undecaprenyl diphosphate synthase  48.73 
 
 
271 aa  256  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445031  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.03 
 
 
251 aa  256  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0812  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  45.8 
 
 
252 aa  256  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2631  undecaprenyl diphosphate synthase  48.09 
 
 
263 aa  255  5e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000342439  normal  0.527492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  47.66 
 
 
264 aa  255  7e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04320  Undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.57 
 
 
258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  50.87 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  46.86 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  46.86 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.22 
 
 
259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3705  undecaprenyl diphosphate synthase  52.19 
 
 
256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.153678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1150  undecaprenyl diphosphate synthase  47.23 
 
 
251 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0844  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.69 
 
 
249 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3049  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.68 
 
 
248 aa  252  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17110  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  45.93 
 
 
251 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.608535  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1487  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  45.93 
 
 
251 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.78 
 
 
249 aa  251  8.000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  49.17 
 
 
260 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0610  undecaprenyl diphosphate synthase  48.47 
 
 
252 aa  251  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148358  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0983  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.92 
 
 
241 aa  250  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017531  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4078  undecaprenyl diphosphate synthase  46.06 
 
 
251 aa  250  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.24707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  47.23 
 
 
251 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.950032  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  49.15 
 
 
246 aa  250  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2637  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.29 
 
 
275 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000140247  normal  0.0415096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1274  undecaprenyl diphosphate synthase  47.88 
 
 
274 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.278229  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2811  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.29 
 
 
275 aa  250  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000658443  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3674  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.88 
 
 
258 aa  249  3e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.56489  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1485  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
275 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335348  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3961  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.88 
 
 
258 aa  249  3e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1449  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
275 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000030821  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2898  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
275 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00271484  normal  0.168687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2544  undecaprenyl diphosphate synthase  46.72 
 
 
256 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2704  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.86 
 
 
275 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000108534  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0886  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  48.94 
 
 
257 aa  249  4e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000056248  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0125  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.96 
 
 
249 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.312961  normal  0.0375757 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  45.56 
 
 
266 aa  249  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2475  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.34 
 
 
258 aa  248  5e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000367791  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  48.54 
 
 
260 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
246 aa  249  5e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0914  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.52 
 
 
249 aa  248  7e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1352  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
275 aa  248  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000127906  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3921  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.88 
 
 
257 aa  248  7e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.878425  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1323  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.88 
 
 
258 aa  248  7e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.364051  hitchhiker  0.000000000000272675 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0128  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.52 
 
 
249 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1454  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000365113  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3864  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
258 aa  247  1e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.281196  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3564  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
258 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3582  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
258 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3870  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
258 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.386864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1347  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  46.81 
 
 
251 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230292  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  47.5 
 
 
260 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3835  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
258 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1633  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
275 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1551  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2489  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1105  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.44 
 
 
251 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.177859  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2052  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3259  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.540086  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1324  undecaprenyl diphosphate synthase  47.08 
 
 
260 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.134804  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2881  undecaprenyl diphosphate synthase  46.15 
 
 
266 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  47.7 
 
 
260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2048  undecaprenyl diphosphate synthase  47.7 
 
 
260 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  44.57 
 
 
262 aa  245  6e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2433  undecaprenyl diphosphate synthase  46.67 
 
 
260 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0292825  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>