More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2752 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  100 
 
 
249 aa  513  1e-144  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  95.58 
 
 
249 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  76.33 
 
 
256 aa  394  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  72.73 
 
 
246 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1917  undecaprenyl pyrophosphate synthase  70.25 
 
 
246 aa  362  3e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  66.67 
 
 
251 aa  339  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  67.21 
 
 
246 aa  334  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  58.05 
 
 
251 aa  287  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.81385e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4433  undecaprenyl diphosphate synthase  55.14 
 
 
245 aa  284  8e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0578119  normal  0.595421 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  56.33 
 
 
253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  55.98 
 
 
272 aa  275  7e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  54.51 
 
 
247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1960  undecaprenyl diphosphate synthase  56.28 
 
 
273 aa  271  6e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.592737  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1691  undecaprenyl diphosphate synthase  52.07 
 
 
246 aa  270  1e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  54.7 
 
 
276 aa  270  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0398  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.13 
 
 
282 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216703  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0985  undecaprenyl diphosphate synthase  53.94 
 
 
246 aa  268  5e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.832102 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  53.42 
 
 
276 aa  268  8e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  54.27 
 
 
282 aa  266  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  54.24 
 
 
240 aa  265  4e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0464  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  54.04 
 
 
285 aa  265  5e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
253 aa  262  4e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.44 
 
 
253 aa  262  4e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3705  undecaprenyl diphosphate synthase  53.19 
 
 
256 aa  262  4.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.153678  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3411  undecaprenyl pyrophosphate synthetase (di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase)  51.67 
 
 
260 aa  261  8e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1393  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.94 
 
 
260 aa  261  1e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.08 
 
 
259 aa  261  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0886  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  51.44 
 
 
257 aa  260  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000056248  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04320  Undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.04 
 
 
258 aa  259  4e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0265  undecaprenyl diphosphate synthase  51.91 
 
 
312 aa  258  6e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1001  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.57 
 
 
252 aa  256  3e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000193058  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0844  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.79 
 
 
249 aa  255  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.07 
 
 
251 aa  255  5e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0125  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.79 
 
 
249 aa  254  7e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.312961  normal  0.0375757 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1973  undecaprenyl diphosphate synthase  50.42 
 
 
263 aa  254  9e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1750  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  50.85 
 
 
291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.283894 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3706  undecaprenyl diphosphate synthase  53.62 
 
 
255 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1782  undecaprenyl diphosphate synthase  49.59 
 
 
248 aa  252  5.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  51.28 
 
 
266 aa  251  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.67 
 
 
244 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0128  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.93 
 
 
249 aa  250  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0914  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.21 
 
 
249 aa  250  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.74 
 
 
254 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2037  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
257 aa  248  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4734  undecaprenyl diphosphate synthase  50.21 
 
 
249 aa  248  5e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578001  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  51.88 
 
 
254 aa  247  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1433  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.61 
 
 
247 aa  247  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0476223  normal  0.0410509 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.3 
 
 
254 aa  247  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4700  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.07 
 
 
249 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.36 
 
 
256 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0583  undecaprenyl diphosphate synthase  53.51 
 
 
264 aa  246  3e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  48.51 
 
 
248 aa  246  3e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2475  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.05 
 
 
258 aa  245  4e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000367791  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  53.3 
 
 
255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2432  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.64 
 
 
248 aa  245  6e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3646  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.19 
 
 
258 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0097469  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1877  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.79 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4387  undecaprenyl diphosphate synthase  49.17 
 
 
250 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0486  undecaprenyl diphosphate synthase  50.42 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.407745 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0511  undecaprenyl diphosphate synthase  49.79 
 
 
257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0663424  normal  0.27617 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.94 
 
 
249 aa  242  3e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1439  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.21 
 
 
256 aa  243  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000108865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.71 
 
 
257 aa  242  3e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  50.42 
 
 
261 aa  242  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3049  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.35 
 
 
248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.881887  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14881  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.5 
 
 
256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.574217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
251 aa  242  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3725  undecaprenyl diphosphate synthase  53.33 
 
 
251 aa  241  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0610  undecaprenyl diphosphate synthase  49.36 
 
 
252 aa  241  7e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148358  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3651  undecaprenyl diphosphate synthase  53.33 
 
 
251 aa  241  7e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3564  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3582  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1323  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.364051  hitchhiker  0.000000000000272675 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3835  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.48753e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3870  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.386864  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3674  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.56489  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3961  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  241  9e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3921  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
257 aa  241  9e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.878425  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3864  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.76 
 
 
258 aa  239  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.281196  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3585  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.5 
 
 
251 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
256 aa  239  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4435  undecaprenyl diphosphate synthase  48.52 
 
 
255 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000718481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50 
 
 
252 aa  239  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 
237 aa  239  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2918  undecaprenyl diphosphate synthase  51.05 
 
 
250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.15769 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1193  undecaprenyl diphosphate synthase  47.46 
 
 
238 aa  239  4e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000857215  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1150  undecaprenyl diphosphate synthase  48.74 
 
 
251 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  48.74 
 
 
251 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_002950  PG0190  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.28 
 
 
254 aa  238  5.999999999999999e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.763759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  48.74 
 
 
251 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09951  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.36 
 
 
265 aa  238  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801732 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1281  undecaprenyl diphosphate synthase  48.31 
 
 
244 aa  238  6.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000016343  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
257 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.65 
 
 
256 aa  238  8e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  47.35 
 
 
251 aa  237  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.950032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4078  undecaprenyl diphosphate synthase  47.9 
 
 
251 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.24707 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0244  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.78 
 
 
249 aa  237  1e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000856656  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  47.15 
 
 
262 aa  236  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1417  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.49 
 
 
267 aa  236  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0645618 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1347  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  48.32 
 
 
251 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230292  normal  0.331945 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>