More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1590 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  100 
 
 
244 aa  485  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  60.79 
 
 
252 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3264  undecaprenyl pyrophosphate synthase  60.79 
 
 
252 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1855  undecaprenyl pyrophosphate synthase  58.94 
 
 
252 aa  293  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223709  normal  0.0619844 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2440  undecaprenyl pyrophosphate synthase  58.68 
 
 
252 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138642  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  60.35 
 
 
252 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  62.56 
 
 
254 aa  292  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1698  undecaprenyl pyrophosphate synthase  60.79 
 
 
252 aa  287  9e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.64591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4513  undecaprenyl pyrophosphate synthase  61.23 
 
 
251 aa  286  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260319  normal  0.537254 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1384  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  57.81 
 
 
245 aa  278  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.380687  normal  0.0459529 
 
 
-
 
NC_004310  BR1158  undecaprenyl pyrophosphate synthase  58.15 
 
 
254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.500874  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1385  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  57.27 
 
 
237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16161  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0299  undecaprenyl diphosphate synthase  56.39 
 
 
266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0433049 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2033  undecaprenyl pyrophosphate synthase  57.27 
 
 
255 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1115  undecaprenyl pyrophosphate synthase  57.71 
 
 
254 aa  271  8.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1536  undecaprenyl diphosphate synthase  58.59 
 
 
257 aa  270  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1135  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.33 
 
 
252 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0633  undecaprenyl diphosphate synthase  59.47 
 
 
267 aa  265  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195458  normal  0.0130228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4435  undecaprenyl diphosphate synthase  55.07 
 
 
255 aa  263  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000718481 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1780  undecaprenyl diphosphate synthase  55.07 
 
 
247 aa  260  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.959481 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2555  undecaprenyl diphosphate synthase  55.75 
 
 
254 aa  259  2e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0643288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  57.94 
 
 
257 aa  259  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1587  undecaprenyl diphosphate synthase  54.63 
 
 
247 aa  259  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2085  undecaprenyl diphosphate synthase  55.07 
 
 
259 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222107  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2359  undecaprenyl diphosphate synthase  55.07 
 
 
259 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2520  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.42 
 
 
248 aa  258  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2801  undecaprenyl diphosphate synthase  52.56 
 
 
259 aa  257  9e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0010789  normal  0.698237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  54.92 
 
 
243 aa  255  4e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1412  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.77 
 
 
256 aa  255  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  0.207147 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0583  undecaprenyl diphosphate synthase  53.74 
 
 
264 aa  254  9e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1812  undecaprenyl diphosphate synthase  50.44 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000233358  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1433  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.46 
 
 
247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0476223  normal  0.0410509 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1038  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.51 
 
 
259 aa  253  3e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000636163  unclonable  0.0000000115387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2045  undecaprenyl diphosphate synthase  55.41 
 
 
259 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  0.172176 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.67 
 
 
249 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3833  undecaprenyl diphosphate synthase  53.69 
 
 
260 aa  250  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0123862 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1844  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.21 
 
 
243 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.81514 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0435  undecaprenyl diphosphate synthase  54.22 
 
 
276 aa  248  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064115  normal  0.101114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  54.24 
 
 
261 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.42 
 
 
249 aa  248  5e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3207  undecaprenyl diphosphate synthase  51.54 
 
 
266 aa  247  9e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000019604  hitchhiker  0.0000000636808 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  52.44 
 
 
256 aa  247  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  55.11 
 
 
261 aa  246  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0610  undecaprenyl diphosphate synthase  51.98 
 
 
252 aa  245  4.9999999999999997e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0464  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  57.08 
 
 
248 aa  245  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0571  undecaprenyl diphosphate synthase  55.11 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0212531  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.11 
 
 
246 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0326  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.67 
 
 
255 aa  243  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1177  undecaprenyl diphosphate synthase  52 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03233  undecaprenyl diphosphate synthase  50.43 
 
 
251 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1950  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.45 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1668  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.45 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.225287  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1103  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.37 
 
 
267 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3705  undecaprenyl diphosphate synthase  51.54 
 
 
256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.153678  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04320  Undecaprenyl pyrophosphate synthase  48 
 
 
258 aa  242  3.9999999999999997e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17110  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.33 
 
 
251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.608535  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0433  undecaprenyl diphosphate synthase  51.11 
 
 
282 aa  242  5e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0478  undecaprenyl diphosphate synthase  48.9 
 
 
247 aa  241  7e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0361  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.26 
 
 
255 aa  241  7e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1487  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  53.33 
 
 
251 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0464  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  51.56 
 
 
285 aa  241  9e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  51.11 
 
 
256 aa  240  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11981  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.37 
 
 
267 aa  240  1e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1538  undecaprenyl diphosphate synthase  53.22 
 
 
251 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.950032  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.79 
 
 
241 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002750  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 
251 aa  240  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0104222  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1347  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  53.22 
 
 
251 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230292  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1253  undecaprenyl diphosphate synthase  50.67 
 
 
246 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.200371  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  51.56 
 
 
276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0401  undecaprenyl diphosphate synthase  52.89 
 
 
272 aa  238  5e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000128233  hitchhiker  0.0000340539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0369  undecaprenyl diphosphate synthase  53.98 
 
 
254 aa  238  5e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0423847  normal  0.155324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  50.21 
 
 
266 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1877  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  55.31 
 
 
261 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0265  undecaprenyl diphosphate synthase  49.78 
 
 
312 aa  238  6.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2707  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.62 
 
 
247 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.22 
 
 
257 aa  238  8e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1364  undecaprenyl diphosphate synthase  50.62 
 
 
247 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0118097 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0398  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50 
 
 
282 aa  238  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216703  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1145  undecaprenyl pyrophosphate synthase  50.22 
 
 
258 aa  237  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000692152  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13560  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  52.21 
 
 
279 aa  236  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2048  undecaprenyl pyrophosphate synthase  52.44 
 
 
251 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.454425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1595  undecaprenyl diphosphate synthase  52.79 
 
 
251 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  50.67 
 
 
264 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1001  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.9 
 
 
252 aa  236  3e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000193058  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2631  undecaprenyl diphosphate synthase  52 
 
 
263 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000342439  normal  0.527492 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4182  undecaprenyl diphosphate synthase  52.79 
 
 
251 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3157  di-trans, poly-cis-decaprenylcistransferase  50.22 
 
 
264 aa  236  3e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0130117  normal  0.0586851 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  50.67 
 
 
240 aa  235  4e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0567  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.67 
 
 
252 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.559226  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.9 
 
 
249 aa  234  6e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4431  undecaprenyl pyrophosphate synthase  54.35 
 
 
236 aa  234  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1932  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.19 
 
 
271 aa  234  8e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.990024  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1973  undecaprenyl diphosphate synthase  47.58 
 
 
263 aa  234  9e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1750  di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase  50.22 
 
 
291 aa  234  9e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.283894 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0844  undecaprenyl pyrophosphate synthase  47.14 
 
 
249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.182424 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1105  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.5 
 
 
251 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.177859  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0886  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  50.22 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000056248  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11831  undecaprenyl pyrophosphate synthase  43.61 
 
 
267 aa  233  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2579  undecaprenyl diphosphate synthase  53.33 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2593  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  54.22 
 
 
249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0126809  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>