142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4789 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4789  YD repeat protein  100 
 
 		 2864 aa  5926    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3207  RHS repeat-containing protein  32.68 
 
 		 2513 aa  406  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.127821 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0606  YD repeat-containing protein  37.96 
 
 		 3662 aa  361  9.999999999999999e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1525  Rhs family-like protein  35.81 
 
 		 3794 aa  347  2e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.14033 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1524  hypothetical protein  30.7 
 
 		 1619 aa  280  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.0000611783  normal  0.152369 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4783  hypothetical protein  79.73 
 
 		 336 aa  133  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000597107  normal  0.813715 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.24 
 
 		 1753 aa  132  7.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2668  hypothetical protein  22.85 
 
 		 1743 aa  103  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  24.88 
 
 		 1172 aa  102  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1157 aa  99.4  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  26.32 
 
 		 1073 aa  94.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4142  hypothetical protein  24.63 
 
 		 1409 aa  87  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.369154  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1595 aa  86.3  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0609  hypothetical protein  46.91 
 
 		 333 aa  85.9  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.313913  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.4 
 
 		 1586 aa  80.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2962  hypothetical protein  29.7 
 
 		 1287 aa  74.7  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000101411  unclonable  0.000000000000192663 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  24.68 
 
 		 2554 aa  73.6  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1395  YD repeat protein  32.95 
 
 		 1463 aa  72.8  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.8 
 
 		 1840 aa  72.4  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  25.59 
 
 		 2510 aa  71.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4225  hypothetical protein  30.04 
 
 		 809 aa  71.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3008  hypothetical protein  40.4 
 
 		 913 aa  70.9  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4641  YD repeat protein  29.61 
 
 		 1461 aa  70.1  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32679  hitchhiker  0.00117662 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.51 
 
 		 1271 aa  70.1  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.25 
 
 		 1611 aa  69.7  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7099  YD repeat protein  30.4 
 
 		 1480 aa  68.6  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00495038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.55 
 
 		 1560 aa  67  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  22.38 
 
 		 1433 aa  66.6  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  23.47 
 
 		 2443 aa  66.6  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2269  YD repeat protein  25.25 
 
 		 2479 aa  65.9  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.17 
 
 		 3027 aa  65.5  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2155  Rhs family protein-like protein  26.43 
 
 		 2698 aa  64.3  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1288  lipoprotein, putative  22.76 
 
 		 401 aa  64.3  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000049717  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 3193 aa  63.5  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  21.56 
 
 		 1917 aa  63.5  0.00000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1046  hypothetical protein  26.56 
 
 		 404 aa  61.6  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.196916  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4386  hypothetical protein  27.34 
 
 		 1179 aa  61.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.241332  decreased coverage  0.00292232 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  24.67 
 
 		 1763 aa  60.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 628 aa  59.7  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  21.52 
 
 		 1541 aa  58.9  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  21.52 
 
 		 1541 aa  58.9  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  21.52 
 
 		 1541 aa  58.9  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  27.07 
 
 		 741 aa  58.2  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  21.52 
 
 		 1381 aa  58.2  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  22.89 
 
 		 605 aa  58.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  24.49 
 
 		 2017 aa  58.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  23.02 
 
 		 1679 aa  58.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1286  lipoprotein, putative  22.55 
 
 		 400 aa  58.2  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000296696  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  27.59 
 
 		 788 aa  57.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  27.59 
 
 		 788 aa  57.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3613  hypothetical protein  37.5 
 
 		 254 aa  57.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.389609  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.06 
 
 		 2149 aa  57.8  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  25.81 
 
 		 1338 aa  58.2  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0513  hypothetical protein  25.66 
 
 		 2843 aa  57.4  0.000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  21.42 
 
 		 1565 aa  57  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  21.42 
 
 		 1565 aa  57  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.89 
 
 		 1576 aa  57  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  21.3 
 
 		 1942 aa  57  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1285  hypothetical protein  21.41 
 
 		 491 aa  56.6  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000225466  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  29.14 
 
 		 1710 aa  56.6  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0998  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 2558 aa  56.6  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  23.87 
 
 		 2652 aa  56.2  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  21.36 
 
 		 1541 aa  55.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1868  Cna B domain-containing protein  24.08 
 
 		 870 aa  56.2  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  21.36 
 
 		 1541 aa  55.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  24.3 
 
 		 2387 aa  55.5  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4038  YD repeat-containing protein  22.73 
 
 		 881 aa  54.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.23853 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0160  TccC4  22.77 
 
 		 952 aa  55.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.189077  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.42 
 
 		 927 aa  55.1  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  21.09 
 
 		 1541 aa  55.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  25.37 
 
 		 414 aa  55.5  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  22.34 
 
 		 1673 aa  55.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  26.02 
 
 		 598 aa  55.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  26.54 
 
 		 678 aa  55.1  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  26.69 
 
 		 1053 aa  55.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0436  lipoprotein, putative  23.6 
 
 		 391 aa  54.7  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000132569  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 2374 aa  54.3  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  23.21 
 
 		 1140 aa  53.9  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 690 aa  53.9  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.04 
 
 		 1527 aa  53.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  25.36 
 
 		 583 aa  53.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  24.88 
 
 		 3456 aa  53.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.39 
 
 		 482 aa  53.1  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.77 
 
 		 1550 aa  53.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  26.53 
 
 		 1345 aa  53.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  26.53 
 
 		 1345 aa  53.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.36 
 
 		 1551 aa  52.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0407  putative insecticidal toxin complex protein  25.65 
 
 		 921 aa  52.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  24.01 
 
 		 2831 aa  52.4  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  35.56 
 
 		 1935 aa  52.8  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1547 aa  52.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4344  insecticidal toxin protein, putative  22.75 
 
 		 886 aa  52  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0689  YD repeat protein  33.07 
 
 		 1531 aa  51.6  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2312  putative cell wall binding repeat 2-containing protein  31.45 
 
 		 769 aa  51.6  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000905322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  20.45 
 
 		 1614 aa  51.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  21.82 
 
 		 1959 aa  51.6  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.29 
 
 		 1600 aa  51.6  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0406  putative insecticidal toxin complex protein  24.95 
 
 		 929 aa  51.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0724  PKD domain containing protein  28.16 
 
 		 432 aa  51.6  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4180  hypothetical protein  34.43 
 
 		 316 aa  51.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>