23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4142 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7099  YD repeat protein  41.65 
 
 
1480 aa  951    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00495038  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4641  YD repeat protein  46.5 
 
 
1461 aa  1090    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32679  hitchhiker  0.00117662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4386  hypothetical protein  44.82 
 
 
1179 aa  990    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.241332  decreased coverage  0.00292232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4225  hypothetical protein  45.91 
 
 
809 aa  667    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317527  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4142  hypothetical protein  100 
 
 
1409 aa  2907    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.369154  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1395  YD repeat protein  44.08 
 
 
1463 aa  1006    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3185  hypothetical protein  37.03 
 
 
2418 aa  769    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0865533 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3008  hypothetical protein  47.15 
 
 
913 aa  597  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2076  YD repeat protein  32.03 
 
 
1740 aa  473  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3007  hypothetical protein  43.34 
 
 
503 aa  413  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  32.14 
 
 
1172 aa  325  5e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  32.37 
 
 
1157 aa  323  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.58 
 
 
1753 aa  278  4e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2668  hypothetical protein  29.47 
 
 
1743 aa  277  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  28.16 
 
 
1073 aa  177  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0316  hypothetical protein  44.23 
 
 
210 aa  89  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.17511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4789  YD repeat protein  24.63 
 
 
2864 aa  87  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0606  YD repeat-containing protein  22.2 
 
 
3662 aa  58.9  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1525  Rhs family-like protein  24.7 
 
 
3794 aa  55.8  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.14033 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  26.48 
 
 
722 aa  51.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  22.45 
 
 
2277 aa  49.3  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3207  RHS repeat-containing protein  28.08 
 
 
2513 aa  47.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.127821 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3613  hypothetical protein  46.15 
 
 
254 aa  46.6  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.389609  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>