53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4225 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4225  hypothetical protein  100 
 
 
809 aa  1665    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317527  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4142  hypothetical protein  45.91 
 
 
1409 aa  667    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.369154  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1395  YD repeat protein  73.57 
 
 
1463 aa  1214    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7099  YD repeat protein  70.65 
 
 
1480 aa  1165    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00495038  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4641  YD repeat protein  72.17 
 
 
1461 aa  1169    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.32679  hitchhiker  0.00117662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3185  hypothetical protein  41.37 
 
 
2418 aa  581  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0865533 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4386  hypothetical protein  41.84 
 
 
1179 aa  568  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.241332  decreased coverage  0.00292232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3008  hypothetical protein  45.2 
 
 
913 aa  555  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2076  YD repeat protein  36.45 
 
 
1740 aa  434  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.44 
 
 
1753 aa  200  7e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2668  hypothetical protein  35.02 
 
 
1743 aa  197  6e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  33.26 
 
 
1157 aa  159  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  32.68 
 
 
1172 aa  157  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  28.96 
 
 
1073 aa  135  3.9999999999999996e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  29.03 
 
 
690 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 
927 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4789  YD repeat protein  30.04 
 
 
2864 aa  71.2  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3613  hypothetical protein  59.57 
 
 
254 aa  69.7  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.389609  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3207  RHS repeat-containing protein  36.19 
 
 
2513 aa  68.2  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.127821 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1525  Rhs family-like protein  25.38 
 
 
3794 aa  66.2  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.14033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0606  YD repeat-containing protein  34.69 
 
 
3662 aa  60.1  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3007  hypothetical protein  40.48 
 
 
503 aa  57.8  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0513  hypothetical protein  36.56 
 
 
2843 aa  55.5  0.000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  36.63 
 
 
628 aa  55.1  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  30.09 
 
 
3456 aa  55.1  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  31.13 
 
 
2443 aa  54.3  0.000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2749  YD repeat protein  35.64 
 
 
2808 aa  53.5  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  38.32 
 
 
232 aa  52.8  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  32.26 
 
 
2510 aa  49.7  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0177  insecticidal toxin complex protein TcdB2  36.27 
 
 
2458 aa  49.3  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4455  insecticidal toxin protein, putative  35.35 
 
 
944 aa  47.8  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0159  insecticidal toxin complex protein TcdB2  36.63 
 
 
2417 aa  47.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.163635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.49 
 
 
1614 aa  47.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  32.91 
 
 
1053 aa  47.4  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4454  insecticidal toxin protein, putative  32.65 
 
 
928 aa  47.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.543889  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0586  YD repeat-containing protein  36.73 
 
 
956 aa  46.2  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4180  hypothetical protein  31.73 
 
 
316 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3077  hypothetical protein  38.75 
 
 
299 aa  46.6  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  30 
 
 
1517 aa  46.6  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  33.33 
 
 
2554 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4405  hypothetical protein  31.73 
 
 
298 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  32.35 
 
 
1464 aa  46.2  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  31.36 
 
 
1834 aa  46.2  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4266  hypothetical protein  31.73 
 
 
298 aa  45.8  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  24.04 
 
 
1352 aa  45.8  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0160  TccC4  31.68 
 
 
952 aa  45.8  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.189077  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2155  Rhs family protein-like protein  31.68 
 
 
2698 aa  45.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  40.43 
 
 
1763 aa  45.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.96 
 
 
1560 aa  45.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  31.82 
 
 
1953 aa  44.7  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4032  YD repeat-containing protein  34 
 
 
920 aa  44.7  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0529613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4344  insecticidal toxin protein, putative  32.67 
 
 
886 aa  44.3  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  27.75 
 
 
3027 aa  44.3  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>