More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5131 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
181 aa  363  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  81.25 
 
 
178 aa  288  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  81.25 
 
 
178 aa  288  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  75.28 
 
 
182 aa  275  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  75.29 
 
 
190 aa  259  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  64.37 
 
 
190 aa  227  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  61.8 
 
 
190 aa  225  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  62.86 
 
 
188 aa  219  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  61.49 
 
 
194 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  59.77 
 
 
190 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  65.92 
 
 
224 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  58.24 
 
 
194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  59.28 
 
 
179 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  57.06 
 
 
194 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
184 aa  160  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  48.9 
 
 
185 aa  160  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  45.56 
 
 
184 aa  156  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
180 aa  142  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
183 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  45.05 
 
 
185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  46.96 
 
 
182 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.42 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
183 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  44.13 
 
 
185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.33 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
189 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.46 
 
 
182 aa  124  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.2 
 
 
205 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.45 
 
 
182 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
174 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.24 
 
 
179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  37.43 
 
 
185 aa  111  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  37.21 
 
 
190 aa  103  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
181 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.89 
 
 
174 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.68 
 
 
167 aa  101  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  36.93 
 
 
191 aa  99.4  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  36.56 
 
 
181 aa  98.6  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
170 aa  95.5  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
191 aa  94  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
223 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  36.75 
 
 
219 aa  87  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.72 
 
 
191 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  37.04 
 
 
211 aa  84.7  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.24 
 
 
189 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.51 
 
 
181 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.11 
 
 
216 aa  78.6  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.86 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  29.52 
 
 
192 aa  75.1  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
190 aa  69.7  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.33 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.77 
 
 
186 aa  68.6  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  31.43 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.74 
 
 
191 aa  67.8  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.81 
 
 
190 aa  67  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.18 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.18 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  66.67 
 
 
56 aa  65.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.18 
 
 
192 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.97 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.86 
 
 
225 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.86 
 
 
225 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  30.23 
 
 
200 aa  62.8  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.04 
 
 
228 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
180 aa  62  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.91 
 
 
225 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.26 
 
 
191 aa  61.2  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  31.65 
 
 
180 aa  60.8  0.000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  23.89 
 
 
181 aa  60.8  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  23.84 
 
 
189 aa  60.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.83 
 
 
232 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.71 
 
 
186 aa  60.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.01 
 
 
188 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.34 
 
 
188 aa  60.1  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
303 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.03 
 
 
212 aa  59.7  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.48 
 
 
190 aa  59.7  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.13 
 
 
190 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.09 
 
 
185 aa  59.7  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.85 
 
 
246 aa  59.3  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6207  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
191 aa  58.9  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.774126  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0428  RNA polymerase sigma factor SigX  29.5 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  28.57 
 
 
204 aa  59.3  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
188 aa  58.2  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 
212 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  34.9 
 
 
202 aa  58.2  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  31.91 
 
 
233 aa  58.2  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  20.67 
 
 
187 aa  58.2  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5597  ECF family sigma factor  29.94 
 
 
174 aa  57.8  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1555  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.86 
 
 
88 aa  57.8  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.45 
 
 
175 aa  57.8  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161053  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.01 
 
 
231 aa  57.8  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  33.59 
 
 
187 aa  57  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.14 
 
 
204 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.4 
 
 
250 aa  57  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.18 
 
 
216 aa  57  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2772  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  27.21 
 
 
211 aa  57  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>