More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3555 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
181 aa  360  4e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  88.95 
 
 
191 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  84.53 
 
 
181 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  82.22 
 
 
181 aa  273  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  72.02 
 
 
170 aa  247  5e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  64.61 
 
 
185 aa  224  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  54.95 
 
 
190 aa  193  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
183 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
184 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  40.46 
 
 
183 aa  124  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.12 
 
 
180 aa  123  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  40.11 
 
 
184 aa  122  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  38.64 
 
 
185 aa  122  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  38.42 
 
 
184 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  38.8 
 
 
190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  39.78 
 
 
190 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  41.62 
 
 
182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.82 
 
 
191 aa  116  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  43.56 
 
 
224 aa  111  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
185 aa  110  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  37.3 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  39.77 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.48 
 
 
174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  40 
 
 
219 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.42 
 
 
205 aa  107  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 
182 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  39.16 
 
 
190 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  38.37 
 
 
188 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.19 
 
 
182 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
181 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  36.16 
 
 
194 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  36.42 
 
 
178 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.23 
 
 
179 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  36.42 
 
 
178 aa  100  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.67 
 
 
180 aa  99.4  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  35.59 
 
 
194 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.23 
 
 
223 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  40.57 
 
 
211 aa  95.5  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  34.64 
 
 
194 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  34.71 
 
 
179 aa  94  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.32 
 
 
189 aa  92.4  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
260 aa  90.9  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.01 
 
 
187 aa  90.5  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.65 
 
 
189 aa  87  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.43 
 
 
216 aa  85.9  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.13 
 
 
189 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.57 
 
 
134 aa  81.6  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.49 
 
 
191 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.81 
 
 
195 aa  76.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.07 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
167 aa  74.3  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.13 
 
 
190 aa  73.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  33.53 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.11 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  32.57 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.15 
 
 
198 aa  70.9  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.43 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.76 
 
 
185 aa  70.9  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.53 
 
 
187 aa  69.7  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.12 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.76 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.56 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  32.02 
 
 
202 aa  68.2  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  29.2 
 
 
183 aa  67.4  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
185 aa  67  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2347  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 
222 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51526  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4075  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 
191 aa  67  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.713083  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2636  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.53 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  33.15 
 
 
218 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2711  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.53 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.169267  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1749  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.53 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170067  hitchhiker  0.00382347 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1986  RNA polymerase sigma-70 factor  27.91 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.46 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2465  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.91 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.523056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002700  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  25.13 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.61152  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  31.39 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.65 
 
 
174 aa  65.1  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  31.46 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5787  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.75 
 
 
197 aa  65.1  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2597  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.97 
 
 
220 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.46 
 
 
196 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.29 
 
 
208 aa  64.7  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2318  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.89 
 
 
220 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  34.3 
 
 
212 aa  63.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
188 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03284  RNA polymerase sigma factor  24.19 
 
 
194 aa  63.2  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  31.52 
 
 
232 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  29.95 
 
 
223 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2322  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.25 
 
 
220 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.293844  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.36 
 
 
192 aa  62.4  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.14 
 
 
183 aa  62.4  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>