More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4275 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
183 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  84.53 
 
 
182 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  81.97 
 
 
183 aa  300  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  59.55 
 
 
184 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  60.23 
 
 
184 aa  207  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  56.42 
 
 
185 aa  201  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  55.11 
 
 
184 aa  195  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  56.18 
 
 
185 aa  192  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
185 aa  158  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  48.31 
 
 
190 aa  148  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
190 aa  148  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
194 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.6 
 
 
180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
194 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  50 
 
 
188 aa  137  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
180 aa  137  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.25 
 
 
205 aa  136  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
181 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
174 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
190 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  41.04 
 
 
181 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
194 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
190 aa  130  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  42.05 
 
 
181 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  47.5 
 
 
224 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  46.07 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  43.33 
 
 
179 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
182 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.53 
 
 
185 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  39.88 
 
 
191 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.43 
 
 
182 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  38.25 
 
 
190 aa  123  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.75 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.23 
 
 
189 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.45 
 
 
182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.86 
 
 
174 aa  107  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  34.52 
 
 
170 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.96 
 
 
181 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.63 
 
 
191 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.48 
 
 
167 aa  94  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.52 
 
 
134 aa  92.4  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
228 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.88 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.3 
 
 
191 aa  81.6  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.35 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  35.15 
 
 
232 aa  74.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  28.73 
 
 
192 aa  72.8  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  31.4 
 
 
219 aa  72.4  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.17 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  32.53 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
192 aa  64.3  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.33 
 
 
187 aa  63.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
201 aa  62  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  28.3 
 
 
183 aa  61.6  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.31 
 
 
215 aa  61.2  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  32.85 
 
 
225 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.69 
 
 
191 aa  59.7  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  31.39 
 
 
225 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  31.39 
 
 
225 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  27.84 
 
 
204 aa  58.9  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.27 
 
 
212 aa  58.5  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.46 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1662  RNA polymerase sigma-70 factor  28.72 
 
 
191 aa  58.5  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.19397 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0048  transcriptional regulator, LuxR family  29.71 
 
 
184 aa  58.2  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.426983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.67 
 
 
190 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.24 
 
 
196 aa  57  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2318  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.08 
 
 
220 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1136  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
189 aa  55.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
188 aa  55.5  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.59 
 
 
181 aa  55.1  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.92 
 
 
56 aa  54.7  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2322  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.26 
 
 
220 aa  55.1  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.293844  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.8 
 
 
190 aa  54.7  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 
212 aa  54.3  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000230493  normal  0.0688251 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1098  sigma-24 (FecI-like)  30.77 
 
 
204 aa  54.3  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0148  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.14 
 
 
187 aa  54.3  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  28.21 
 
 
196 aa  54.3  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1364  RNA polymerase sigma-70 factor  21.76 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.767418 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.14 
 
 
163 aa  54.3  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  32.28 
 
 
176 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.25 
 
 
171 aa  53.5  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000000465068  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.16 
 
 
174 aa  53.5  0.000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.54 
 
 
212 aa  53.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.73 
 
 
186 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1294  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
178 aa  53.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.761686  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  28.57 
 
 
200 aa  53.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.49 
 
 
179 aa  53.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3972  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.62 
 
 
175 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.892642  normal  0.300179 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0696  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.93 
 
 
211 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000147428  decreased coverage  0.0000446652 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.94 
 
 
182 aa  53.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
176 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  27.03 
 
 
208 aa  52.8  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3804  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.29 
 
 
189 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.96 
 
 
190 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2275  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.38 
 
 
222 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  26.47 
 
 
192 aa  52.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5519  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 
241 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1333  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.65 
 
 
191 aa  52.8  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>