More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4558 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
163 aa  326  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.9 
 
 
180 aa  160  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.31 
 
 
162 aa  124  8.000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.22 
 
 
240 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2662  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.75 
 
 
168 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.396888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.75 
 
 
168 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.204704  normal  0.0212517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2548  sigma-24 (FecI-like)  45.81 
 
 
183 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339201  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.68 
 
 
240 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.59 
 
 
175 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.37 
 
 
172 aa  115  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1666  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.33 
 
 
176 aa  114  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47725  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3666  sigma-24 (FecI)  42.76 
 
 
168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000713997  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 
181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.21 
 
 
181 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
179 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  42.21 
 
 
182 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.58 
 
 
167 aa  112  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2784  sigma-24 (FecI)  46.67 
 
 
176 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.313744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.31 
 
 
246 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
180 aa  111  5e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 
198 aa  110  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.33 
 
 
173 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  42.21 
 
 
181 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  47.95 
 
 
166 aa  110  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1709  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.23 
 
 
172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.91 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  41.56 
 
 
181 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.68 
 
 
243 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.04 
 
 
166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.52 
 
 
172 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.448739  normal  0.0655006 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  39.63 
 
 
188 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  44.52 
 
 
172 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.24 
 
 
189 aa  108  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.212351 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  43.33 
 
 
179 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.22 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.68 
 
 
263 aa  107  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  42 
 
 
192 aa  108  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  41.33 
 
 
193 aa  107  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  41.51 
 
 
184 aa  108  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.24 
 
 
244 aa  108  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.68 
 
 
246 aa  107  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.51 
 
 
246 aa  107  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5400  RNA polymerase sigma M factor  46.15 
 
 
165 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  41.56 
 
 
181 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5735  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.92 
 
 
170 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.61786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.61 
 
 
244 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  39.75 
 
 
190 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3836  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.41 
 
 
163 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110158  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
182 aa  106  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.61 
 
 
271 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.04 
 
 
249 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5260  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.53 
 
 
169 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.232851  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.66 
 
 
173 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  41.33 
 
 
193 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.66 
 
 
176 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  41.22 
 
 
187 aa  104  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  41.38 
 
 
185 aa  105  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  41.22 
 
 
187 aa  105  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.88 
 
 
253 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.26 
 
 
190 aa  104  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3829  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.75 
 
 
199 aa  104  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.245837  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  40.51 
 
 
190 aa  104  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  40.51 
 
 
190 aa  104  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  40.51 
 
 
183 aa  103  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2755  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.78 
 
 
171 aa  103  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  39.87 
 
 
185 aa  103  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  39.87 
 
 
185 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.96 
 
 
176 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2391  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.22 
 
 
173 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.77 
 
 
249 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2888  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.9 
 
 
173 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00695111  normal  0.770379 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.9 
 
 
173 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.247162  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.31 
 
 
201 aa  102  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5546  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
246 aa  102  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.753854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.36 
 
 
234 aa  101  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  43.26 
 
 
165 aa  101  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.5 
 
 
250 aa  101  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 
185 aa  100  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.22 
 
 
246 aa  101  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
249 aa  100  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2802  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.22 
 
 
173 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.22 
 
 
182 aa  100  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.14 
 
 
173 aa  99.8  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  43.66 
 
 
162 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.13 
 
 
211 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.725237  normal  0.366803 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
209 aa  100  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  40.41 
 
 
197 aa  99.8  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
224 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0294  ECF sigma factor PrtI  43.97 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000544982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.97 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3786  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.83 
 
 
180 aa  99.4  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6886  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.12 
 
 
227 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0084  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.97 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0118305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>