More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0958 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
185 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  48.04 
 
 
184 aa  171  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
185 aa  166  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
183 aa  158  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
184 aa  159  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  43.48 
 
 
184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  47.78 
 
 
185 aa  151  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  42.78 
 
 
182 aa  150  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
183 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  49.18 
 
 
188 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 
190 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  48.75 
 
 
224 aa  140  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  43.33 
 
 
190 aa  134  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  44.75 
 
 
190 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.03 
 
 
179 aa  131  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
190 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  44.13 
 
 
181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.02 
 
 
180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  41.62 
 
 
194 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  41.99 
 
 
194 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  43.26 
 
 
194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  42.22 
 
 
182 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 
179 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
185 aa  122  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.17 
 
 
174 aa  121  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.57 
 
 
180 aa  120  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
178 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 
181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
191 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.7 
 
 
182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  38.24 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
205 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.53 
 
 
174 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  37.06 
 
 
170 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
181 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  35.75 
 
 
190 aa  101  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.24 
 
 
182 aa  98.6  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
191 aa  97.8  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.61 
 
 
134 aa  93.2  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.14 
 
 
167 aa  92.4  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.87 
 
 
219 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  36.21 
 
 
192 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.14 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
260 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.22 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.5 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.43 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.98 
 
 
216 aa  75.5  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.74 
 
 
228 aa  74.3  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.13 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  37.89 
 
 
232 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.42 
 
 
188 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  32.75 
 
 
211 aa  71.2  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  34.78 
 
 
225 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  34.78 
 
 
225 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.12 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  33.33 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  31.67 
 
 
181 aa  67  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  27.93 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.46 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.54 
 
 
188 aa  65.1  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.14 
 
 
215 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.09 
 
 
204 aa  64.3  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.32 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.7 
 
 
303 aa  63.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.45 
 
 
56 aa  62.8  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
191 aa  62.4  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.65 
 
 
195 aa  62.4  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4632  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.21 
 
 
181 aa  62.4  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.08 
 
 
209 aa  62.4  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.63 
 
 
185 aa  62.4  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  32.39 
 
 
202 aa  61.6  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.35 
 
 
174 aa  61.6  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 
201 aa  61.2  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.08 
 
 
217 aa  61.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.89 
 
 
183 aa  60.5  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  32.73 
 
 
187 aa  60.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
204 aa  60.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
186 aa  60.5  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.64 
 
 
220 aa  60.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.66 
 
 
204 aa  60.5  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  33.14 
 
 
212 aa  60.1  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.23 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.83 
 
 
212 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.34 
 
 
208 aa  59.7  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  27.59 
 
 
240 aa  59.7  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.65 
 
 
190 aa  60.1  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.04 
 
 
205 aa  59.7  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0179  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.97 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.68 
 
 
195 aa  59.3  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01782  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
187 aa  59.3  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.126862  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.97 
 
 
268 aa  58.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
211 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.46 
 
 
209 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.4 
 
 
233 aa  58.5  0.00000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.04 
 
 
190 aa  58.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0548  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.03 
 
 
256 aa  58.2  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>