More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A2180 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
190 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  69.84 
 
 
190 aa  270  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  73.89 
 
 
182 aa  266  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  64.55 
 
 
194 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  63.1 
 
 
188 aa  236  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  64.77 
 
 
178 aa  235  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  64.77 
 
 
178 aa  235  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  61.7 
 
 
190 aa  234  8e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  64.37 
 
 
181 aa  227  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  60.11 
 
 
194 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  60.11 
 
 
194 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  62.36 
 
 
190 aa  219  3e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  65.7 
 
 
179 aa  217  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  64.6 
 
 
224 aa  204  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 
184 aa  164  8e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  48.89 
 
 
184 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  48.07 
 
 
184 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48 
 
 
180 aa  151  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  48.07 
 
 
185 aa  143  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  48.04 
 
 
183 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  43.96 
 
 
182 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  44.75 
 
 
185 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.94 
 
 
182 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
205 aa  130  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
183 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  42.78 
 
 
185 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.75 
 
 
174 aa  127  9.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.18 
 
 
182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.67 
 
 
134 aa  124  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.24 
 
 
189 aa  124  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  39.53 
 
 
190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.71 
 
 
180 aa  112  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  39.77 
 
 
181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.54 
 
 
179 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  38.15 
 
 
191 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  40.23 
 
 
181 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  35.98 
 
 
170 aa  94.7  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.14 
 
 
167 aa  92.4  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.75 
 
 
174 aa  90.9  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  35.22 
 
 
219 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  32.22 
 
 
181 aa  88.6  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
223 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.54 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.8 
 
 
191 aa  82.4  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  34.18 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
188 aa  78.6  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.4 
 
 
216 aa  78.2  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  68.52 
 
 
56 aa  75.5  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  30.3 
 
 
192 aa  72  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.95 
 
 
190 aa  71.6  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
190 aa  71.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.39 
 
 
190 aa  71.6  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.9 
 
 
187 aa  70.9  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.04 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  32.61 
 
 
194 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.72 
 
 
195 aa  69.3  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  30.17 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  35.98 
 
 
232 aa  68.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.16 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.52 
 
 
192 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  30.98 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  30.98 
 
 
192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.94 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
185 aa  65.5  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  28.68 
 
 
186 aa  65.5  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.65 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  30.94 
 
 
192 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3448  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.65 
 
 
184 aa  63.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.91 
 
 
216 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.22 
 
 
208 aa  62.8  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.79 
 
 
208 aa  62.8  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2072  RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
197 aa  62.4  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530899  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0415  RNA polymerase sigma factor  33.71 
 
 
197 aa  61.6  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26316  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.68 
 
 
188 aa  61.6  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.59 
 
 
189 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.29 
 
 
189 aa  61.2  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.94 
 
 
203 aa  61.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.48 
 
 
189 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  31.62 
 
 
225 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
183 aa  60.5  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  31.62 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  30.83 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.06 
 
 
180 aa  59.7  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  31.62 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
201 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.26 
 
 
187 aa  60.1  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  29.55 
 
 
212 aa  59.3  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
170 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2792  RNA polymerase sigma factor SigZ  30.26 
 
 
206 aa  58.9  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.27 
 
 
232 aa  58.9  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3742  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.95 
 
 
188 aa  58.9  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00162428  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
240 aa  59.3  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
200 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
229 aa  58.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0106  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
200 aa  58.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>