More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0759 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
180 aa  352  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  49.73 
 
 
184 aa  158  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.71 
 
 
182 aa  154  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48 
 
 
190 aa  151  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  47.78 
 
 
188 aa  151  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
184 aa  150  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  49.44 
 
 
205 aa  150  8e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.98 
 
 
189 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.59 
 
 
182 aa  148  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  49.43 
 
 
174 aa  148  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
182 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  46.63 
 
 
190 aa  144  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
190 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  49.46 
 
 
183 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.13 
 
 
180 aa  142  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
181 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  45.81 
 
 
182 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  46.2 
 
 
184 aa  140  9e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  48.6 
 
 
183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
185 aa  138  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  43.43 
 
 
178 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.86 
 
 
179 aa  135  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  43.43 
 
 
178 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
185 aa  134  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
190 aa  134  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  43.02 
 
 
185 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 
179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
194 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
194 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  42.46 
 
 
185 aa  128  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
194 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
224 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  44.12 
 
 
181 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  45.06 
 
 
181 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  43.45 
 
 
170 aa  122  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  43.56 
 
 
191 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  39.33 
 
 
190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.66 
 
 
134 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.35 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  43.31 
 
 
181 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.97 
 
 
191 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  37.02 
 
 
192 aa  104  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  42.14 
 
 
219 aa  98.2  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.35 
 
 
167 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.99 
 
 
191 aa  89  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.15 
 
 
189 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.23 
 
 
260 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  38.99 
 
 
211 aa  85.1  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.68 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46.21 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.43 
 
 
216 aa  73.6  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
188 aa  72  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0106  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
200 aa  71.2  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.91 
 
 
191 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.39 
 
 
188 aa  69.3  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.72 
 
 
188 aa  68.2  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  36.2 
 
 
232 aa  68.2  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
198 aa  67.8  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
192 aa  67.4  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.04 
 
 
187 aa  66.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.76 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000288363  hitchhiker  0.0000991557 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.89 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.64 
 
 
185 aa  63.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0988  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.93 
 
 
185 aa  63.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.95 
 
 
210 aa  62  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.33 
 
 
206 aa  61.6  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
163 aa  61.6  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  32.61 
 
 
202 aa  60.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4049  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
186 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4446  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
165 aa  58.9  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0133892 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.42 
 
 
208 aa  58.9  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.31 
 
 
190 aa  58.9  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.3 
 
 
190 aa  58.5  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  28.49 
 
 
187 aa  58.2  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
215 aa  57.8  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.32 
 
 
201 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.33 
 
 
195 aa  57.8  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
228 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1470  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.14 
 
 
205 aa  57  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.96 
 
 
214 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0997  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.01 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.14 
 
 
190 aa  56.6  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1015  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.01 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.393084  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 
189 aa  56.6  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1025  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.01 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2100  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.91 
 
 
239 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.403353  normal  0.121928 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.65 
 
 
192 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  27.91 
 
 
225 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.48 
 
 
185 aa  55.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  27.91 
 
 
225 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.7 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.39 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  28.68 
 
 
225 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.45 
 
 
186 aa  55.5  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  33.14 
 
 
212 aa  55.5  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2821  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
183 aa  55.5  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0341769  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.49 
 
 
185 aa  55.1  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0288  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.07 
 
 
179 aa  55.1  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>