More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0872 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 
186 aa  377  1e-104  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.24 
 
 
190 aa  253  8e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.56 
 
 
180 aa  231  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0184  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.8 
 
 
183 aa  218  5e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  54.94 
 
 
181 aa  197  7e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.43 
 
 
180 aa  195  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  47.9 
 
 
188 aa  174  5e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.19 
 
 
392 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  98.6  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  98.6  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.1 
 
 
205 aa  98.6  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.85 
 
 
198 aa  98.6  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.54 
 
 
199 aa  98.6  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.93 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
216 aa  96.3  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
195 aa  96.3  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.72 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.14 
 
 
185 aa  95.5  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.93 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.93 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.98 
 
 
192 aa  95.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
191 aa  94.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1621  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.98 
 
 
165 aa  94.4  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.867199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.18 
 
 
193 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.06 
 
 
205 aa  94.4  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.209234  normal  0.395118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.18 
 
 
193 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  94.4  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.91 
 
 
174 aa  94.4  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  94  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
215 aa  93.6  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.73 
 
 
201 aa  93.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
211 aa  94  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.15 
 
 
192 aa  93.6  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.43 
 
 
192 aa  92.8  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.43 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.76 
 
 
200 aa  92.4  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
192 aa  92.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.12 
 
 
193 aa  92  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.71 
 
 
199 aa  92  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.48 
 
 
208 aa  91.7  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  92  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  92  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  91.3  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.1 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.1 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.53 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.61 
 
 
191 aa  90.5  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.03 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.49 
 
 
182 aa  90.5  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
200 aa  90.5  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
201 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.81 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.68 
 
 
206 aa  89.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>