More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2934 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
180 aa  367  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  65.78 
 
 
190 aa  265  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  60.56 
 
 
186 aa  231  5e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0184  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.98 
 
 
183 aa  206  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  53.8 
 
 
188 aa  189  2.9999999999999997e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.72 
 
 
180 aa  187  8e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  50.29 
 
 
181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  37.65 
 
 
208 aa  111  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.65 
 
 
208 aa  111  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
191 aa  111  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.71 
 
 
217 aa  111  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.01 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.68 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.01 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.01 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.01 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.68 
 
 
193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.76 
 
 
193 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.76 
 
 
193 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  35.68 
 
 
193 aa  108  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.14 
 
 
193 aa  108  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3620  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.39 
 
 
177 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3743  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.39 
 
 
177 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
211 aa  107  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.59 
 
 
193 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3552  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.39 
 
 
177 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492938 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.75 
 
 
177 aa  107  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0690  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.83 
 
 
177 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.72 
 
 
192 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.97 
 
 
191 aa  107  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  37.01 
 
 
213 aa  105  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  104  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.96 
 
 
177 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105349  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  105  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.78 
 
 
192 aa  104  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.04 
 
 
195 aa  103  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
192 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.39 
 
 
208 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3840  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
177 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.71 
 
 
208 aa  103  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.67 
 
 
184 aa  103  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
194 aa  103  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3175  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.39 
 
 
177 aa  103  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138062  normal  0.376023 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.26 
 
 
192 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0763  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.83 
 
 
177 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.061264  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.76 
 
 
199 aa  103  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.52 
 
 
192 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.44 
 
 
193 aa  102  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 
222 aa  102  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.08 
 
 
206 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
205 aa  101  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
198 aa  101  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.66 
 
 
215 aa  100  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.81 
 
 
216 aa  100  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.94 
 
 
200 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.74 
 
 
206 aa  99.4  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  36.65 
 
 
190 aa  99  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.7 
 
 
199 aa  99  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.33 
 
 
223 aa  98.6  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 
192 aa  99  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.3 
 
 
199 aa  98.2  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  34.9 
 
 
187 aa  98.6  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.44 
 
 
392 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.13 
 
 
192 aa  98.2  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
199 aa  97.8  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
190 aa  97.8  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.02 
 
 
185 aa  97.8  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
211 aa  97.4  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.09 
 
 
197 aa  97.1  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0395  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.18 
 
 
195 aa  96.3  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
191 aa  96.7  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
205 aa  96.3  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
205 aa  96.3  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
199 aa  96.3  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.43 
 
 
191 aa  96.3  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.15 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>