More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2320 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  100 
 
 
213 aa  441  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
224 aa  117  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.16 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  37.77 
 
 
192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
199 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
190 aa  109  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
185 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.98 
 
 
195 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.01 
 
 
180 aa  105  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.95 
 
 
224 aa  105  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.49 
 
 
192 aa  105  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
200 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  105  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  105  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  104  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  104  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
192 aa  104  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.52 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.42 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.39 
 
 
198 aa  103  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.52 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
195 aa  103  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.52 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.52 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
192 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.52 
 
 
193 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.42 
 
 
193 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 
185 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  36 
 
 
208 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.2 
 
 
206 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.97 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
192 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.52 
 
 
208 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
192 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.24 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.24 
 
 
193 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.52 
 
 
208 aa  102  5e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.6 
 
 
199 aa  101  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
392 aa  101  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
208 aa  101  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.67 
 
 
194 aa  100  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  100  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.94 
 
 
193 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.78 
 
 
192 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
192 aa  99.4  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
200 aa  99.4  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.6 
 
 
215 aa  99  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  32.09 
 
 
208 aa  98.6  6e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.89 
 
 
220 aa  98.2  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.15 
 
 
216 aa  97.8  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.73 
 
 
192 aa  97.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.84 
 
 
184 aa  97.8  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
202 aa  97.4  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  96.7  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.89 
 
 
193 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
205 aa  97.1  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
205 aa  97.1  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.56 
 
 
182 aa  97.1  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
193 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.73 
 
 
191 aa  96.3  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.26 
 
 
217 aa  95.9  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.43 
 
 
202 aa  95.5  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.22 
 
 
198 aa  95.5  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.12 
 
 
211 aa  95.1  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.72 
 
 
190 aa  95.1  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>