More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1048 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
192 aa  395  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  96.35 
 
 
192 aa  383  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  94.79 
 
 
192 aa  377  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  94.27 
 
 
192 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.15 
 
 
192 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  91.1 
 
 
192 aa  362  1e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  2e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  2e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
192 aa  362  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.05 
 
 
192 aa  360  6e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  87.43 
 
 
192 aa  354  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  86.46 
 
 
192 aa  353  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  89.53 
 
 
192 aa  337  8e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  74.48 
 
 
192 aa  311  2.9999999999999996e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  73.68 
 
 
190 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  73.44 
 
 
192 aa  304  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.92 
 
 
192 aa  302  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.92 
 
 
192 aa  302  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  70.43 
 
 
208 aa  293  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  284  5e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  284  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  284  5e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  284  5.999999999999999e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  283  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  281  4.0000000000000003e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  69.79 
 
 
191 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  280  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  280  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  280  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  280  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
191 aa  280  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  68.75 
 
 
191 aa  280  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  68.23 
 
 
191 aa  280  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  68.23 
 
 
191 aa  280  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  68.42 
 
 
193 aa  274  6e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  68.42 
 
 
193 aa  274  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  67.02 
 
 
193 aa  271  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  66.49 
 
 
193 aa  270  7e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  66.49 
 
 
193 aa  270  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  66.49 
 
 
193 aa  270  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  66.49 
 
 
193 aa  270  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  66.49 
 
 
193 aa  269  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.92 
 
 
191 aa  269  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  65.45 
 
 
193 aa  267  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  65.97 
 
 
193 aa  266  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  62.43 
 
 
193 aa  265  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.92 
 
 
191 aa  264  5e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.16 
 
 
193 aa  261  4e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.55 
 
 
194 aa  261  4.999999999999999e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.68 
 
 
192 aa  261  4.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.54 
 
 
191 aa  261  4.999999999999999e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.92 
 
 
193 aa  260  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  64.21 
 
 
208 aa  256  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.21 
 
 
208 aa  256  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  61.58 
 
 
201 aa  254  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  254  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  254  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  254  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.02 
 
 
199 aa  254  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.58 
 
 
199 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  64.06 
 
 
199 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.54 
 
 
199 aa  251  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.54 
 
 
199 aa  251  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  65.59 
 
 
392 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.46 
 
 
199 aa  248  5e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  63.35 
 
 
199 aa  247  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.83 
 
 
199 aa  247  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  246  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.9 
 
 
200 aa  246  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
192 aa  246  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  245  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  245  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.58 
 
 
198 aa  241  6e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.29 
 
 
205 aa  240  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.29 
 
 
205 aa  240  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.14 
 
 
216 aa  236  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  54.59 
 
 
206 aa  229  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.91 
 
 
205 aa  220  9e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  52.43 
 
 
206 aa  218  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>