More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1095 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  98.95 
 
 
191 aa  387  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  99.48 
 
 
191 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  94.76 
 
 
191 aa  374  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.67 
 
 
191 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.67 
 
 
191 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.67 
 
 
191 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.15 
 
 
191 aa  364  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  92.15 
 
 
191 aa  364  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  91.1 
 
 
191 aa  358  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  90.58 
 
 
191 aa  355  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  78.12 
 
 
192 aa  313  7e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  75.52 
 
 
192 aa  311  4.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  75 
 
 
192 aa  309  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  73.68 
 
 
190 aa  298  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.63 
 
 
191 aa  290  7e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  73.16 
 
 
192 aa  290  8e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.63 
 
 
192 aa  288  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.63 
 
 
192 aa  289  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.63 
 
 
192 aa  289  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.11 
 
 
192 aa  287  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.11 
 
 
192 aa  287  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.11 
 
 
192 aa  287  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  72.11 
 
 
192 aa  287  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  71.58 
 
 
192 aa  287  8e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  70.31 
 
 
192 aa  286  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  70.83 
 
 
192 aa  284  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
192 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.27 
 
 
192 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  69.79 
 
 
192 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  67.02 
 
 
208 aa  276  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  68.95 
 
 
192 aa  274  5e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  65.62 
 
 
192 aa  271  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  65.97 
 
 
193 aa  261  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  65.97 
 
 
193 aa  261  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0874  RNA polymerase sigma factor RpoE  68.95 
 
 
192 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145718  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.35 
 
 
193 aa  255  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.35 
 
 
193 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.35 
 
 
193 aa  255  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  61.38 
 
 
193 aa  255  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.35 
 
 
193 aa  255  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.35 
 
 
193 aa  255  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  63.87 
 
 
193 aa  255  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  63.87 
 
 
193 aa  254  5e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  62.83 
 
 
193 aa  254  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  64.92 
 
 
191 aa  253  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  65.45 
 
 
191 aa  251  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  63.68 
 
 
193 aa  250  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  61.58 
 
 
201 aa  249  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.58 
 
 
192 aa  248  4e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.69 
 
 
200 aa  247  7e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  246  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.83 
 
 
199 aa  246  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  244  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  244  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.83 
 
 
199 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  242  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0065  RNA polymerase sigma factor RpoE  57.89 
 
 
193 aa  241  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.695831 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  240  7e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  239  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  62.57 
 
 
208 aa  238  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  62.57 
 
 
208 aa  238  2.9999999999999997e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.05 
 
 
192 aa  238  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  62.3 
 
 
199 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.38 
 
 
194 aa  238  5e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
199 aa  236  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  58.95 
 
 
198 aa  236  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  235  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  235  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  235  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  235  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.26 
 
 
199 aa  235  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.78 
 
 
392 aa  234  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.62 
 
 
205 aa  233  9e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  61.62 
 
 
205 aa  233  9e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.57 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  55.61 
 
 
206 aa  228  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  58.73 
 
 
205 aa  227  9e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  56.15 
 
 
206 aa  225  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>