More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_10283 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_10283  RNA polymerase ECF-type sigma factor  100 
 
 
181 aa  367  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  65.52 
 
 
180 aa  239  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  54.94 
 
 
186 aa  197  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0184  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.48 
 
 
183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.688137  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.72 
 
 
190 aa  189  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.29 
 
 
180 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  52.02 
 
 
188 aa  178  2.9999999999999997e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
198 aa  96.3  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 
205 aa  96.3  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.34 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
194 aa  94  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.05 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.67 
 
 
192 aa  92  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.11 
 
 
208 aa  91.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  31.11 
 
 
208 aa  91.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.31 
 
 
191 aa  91.7  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.2 
 
 
209 aa  91.3  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.14 
 
 
216 aa  90.9  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
192 aa  90.9  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
192 aa  90.9  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.85 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.59 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
192 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.59 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
208 aa  89  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
211 aa  89.4  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
192 aa  89.4  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.64 
 
 
209 aa  89  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.36 
 
 
199 aa  88.6  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 
192 aa  88.6  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
174 aa  88.6  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 
199 aa  88.6  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.95 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.38 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.49 
 
 
217 aa  87.8  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.26 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.26 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.26 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.9 
 
 
216 aa  87  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.32 
 
 
205 aa  87  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.32 
 
 
205 aa  87  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  87  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3850  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.53 
 
 
241 aa  87  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.843877  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  87  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.26 
 
 
192 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
392 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0642  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.32 
 
 
206 aa  87  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  0.189477 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  87  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.11 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.02 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.11 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.11 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  30 
 
 
199 aa  86.3  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.71 
 
 
192 aa  85.5  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4271  sigma-24 (FecI-like)  29.44 
 
 
209 aa  85.9  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.43 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.49 
 
 
199 aa  85.9  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.48 
 
 
193 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1582  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.78 
 
 
186 aa  85.1  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.83 
 
 
193 aa  85.5  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  32.12 
 
 
205 aa  85.5  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.48 
 
 
193 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.48 
 
 
193 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.48 
 
 
193 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.24 
 
 
200 aa  85.1  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.76 
 
 
193 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.84 
 
 
193 aa  85.1  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.72 
 
 
192 aa  84.7  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  33.12 
 
 
229 aa  84.7  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  29.79 
 
 
193 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.64 
 
 
201 aa  84.3  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.54 
 
 
191 aa  84.3  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.53 
 
 
224 aa  84.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.36 
 
 
193 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.68 
 
 
211 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.26 
 
 
192 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>