More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3468 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
185 aa  365  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.51 
 
 
235 aa  167  7e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.14 
 
 
191 aa  162  3e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  46.11 
 
 
206 aa  131  6e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.02 
 
 
186 aa  123  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.85 
 
 
189 aa  107  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.78 
 
 
182 aa  107  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.91 
 
 
292 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.91 
 
 
288 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  39.02 
 
 
187 aa  106  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  37.91 
 
 
285 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27120  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.17 
 
 
206 aa  105  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 
189 aa  103  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
202 aa  102  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  36.46 
 
 
239 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.7 
 
 
208 aa  100  8e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.01 
 
 
200 aa  99.4  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.85 
 
 
184 aa  99.8  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.57 
 
 
215 aa  98.6  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1195  RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
208 aa  98.6  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.336736  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.47 
 
 
283 aa  98.2  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.52 
 
 
200 aa  97.8  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  35.2 
 
 
214 aa  97.1  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.55 
 
 
186 aa  97.1  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.88 
 
 
184 aa  97.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2934  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.95 
 
 
180 aa  96.3  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.690007  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3246  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.03 
 
 
208 aa  95.5  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0104683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  35.64 
 
 
239 aa  95.9  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
222 aa  95.9  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3991  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.73 
 
 
186 aa  95.5  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75873  normal  0.554715 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.89 
 
 
198 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.37 
 
 
208 aa  95.1  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.22 
 
 
208 aa  94.4  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  36.31 
 
 
226 aa  94.4  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.81 
 
 
195 aa  94.4  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 
220 aa  94.4  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.18 
 
 
190 aa  93.6  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.05 
 
 
224 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.81 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.66 
 
 
210 aa  93.2  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.41 
 
 
243 aa  92.8  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.11 
 
 
192 aa  92.4  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.87 
 
 
243 aa  92.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.42 
 
 
198 aa  92  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.04 
 
 
199 aa  92  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0763  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.96 
 
 
177 aa  92  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.061264  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
241 aa  91.7  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.8 
 
 
200 aa  91.7  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.03 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
178 aa  91.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
211 aa  91.3  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.77 
 
 
177 aa  91.3  8e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
192 aa  90.9  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4775  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
180 aa  90.1  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.253897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.64 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  34.24 
 
 
228 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 
189 aa  90.5  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3504  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.49 
 
 
178 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal  0.884128 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
228 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.94 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.2 
 
 
182 aa  89.4  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  36.61 
 
 
220 aa  90.1  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3175  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
177 aa  89.4  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.138062  normal  0.376023 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.25 
 
 
199 aa  89  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
199 aa  89  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.51 
 
 
192 aa  88.6  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.49 
 
 
392 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.51 
 
 
192 aa  88.6  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
200 aa  88.6  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.51 
 
 
192 aa  88.6  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
177 aa  88.6  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105349  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.67 
 
 
193 aa  88.6  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.51 
 
 
192 aa  88.6  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.87 
 
 
199 aa  88.2  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3840  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.84 
 
 
177 aa  87.8  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  87.8  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.48 
 
 
201 aa  87.4  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>