More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4686 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
224 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  70.11 
 
 
190 aa  234  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  66.86 
 
 
182 aa  227  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  65.92 
 
 
181 aa  222  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  63.19 
 
 
190 aa  221  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  61.88 
 
 
190 aa  213  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  63.07 
 
 
178 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  63.64 
 
 
188 aa  209  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  63.07 
 
 
178 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  59.89 
 
 
190 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  62.86 
 
 
194 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  62.29 
 
 
194 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  62.29 
 
 
194 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  64.29 
 
 
179 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  48.28 
 
 
184 aa  156  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  48.62 
 
 
185 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  47.75 
 
 
185 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  48.33 
 
 
184 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  47.22 
 
 
184 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  48 
 
 
183 aa  141  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.94 
 
 
180 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  47.13 
 
 
183 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  45.2 
 
 
182 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.77 
 
 
189 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  46.89 
 
 
185 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 
185 aa  129  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.59 
 
 
182 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.59 
 
 
134 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.45 
 
 
179 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.66 
 
 
205 aa  121  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.15 
 
 
182 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.71 
 
 
174 aa  118  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  43.27 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.63 
 
 
180 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  40.45 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
181 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  39.52 
 
 
170 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
191 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.71 
 
 
174 aa  104  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.56 
 
 
191 aa  99.8  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
181 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.79 
 
 
167 aa  92.8  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.11 
 
 
223 aa  91.7  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
191 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  36.65 
 
 
219 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.04 
 
 
192 aa  80.9  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32.35 
 
 
192 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.73 
 
 
200 aa  76.3  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1214  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  75 
 
 
56 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.353385  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.27 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  36.25 
 
 
211 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.39 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.39 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.8 
 
 
260 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
188 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.58 
 
 
228 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.07 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.13 
 
 
191 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0473  sigma-24 (FecI-like)  33.55 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7084  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.34 
 
 
203 aa  68.6  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
183 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4577  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.08 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.598832  normal  0.0440159 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2663  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.88 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0800237  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.92 
 
 
187 aa  67  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.56 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.09 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0974  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 
190 aa  66.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.082273  normal  0.0344411 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.91 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.73 
 
 
212 aa  66.2  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.24 
 
 
217 aa  65.9  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.33 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
201 aa  65.1  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.97 
 
 
202 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.16 
 
 
246 aa  64.3  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000320537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
216 aa  64.7  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  30.38 
 
 
182 aa  64.3  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.56 
 
 
215 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
190 aa  63.5  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0657  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.76 
 
 
180 aa  63.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.33 
 
 
195 aa  63.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2465  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.91 
 
 
222 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.523056  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.79 
 
 
200 aa  63.5  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6065  Fis family transcriptional regulator  35.25 
 
 
191 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0601256  normal  0.104607 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0872  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.11 
 
 
186 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.028729  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1986  RNA polymerase sigma-70 factor  28.4 
 
 
222 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05265  RNA polymerase sigma factor SigZ  27.71 
 
 
186 aa  62.8  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.35 
 
 
248 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.03 
 
 
180 aa  62.4  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.04 
 
 
189 aa  62  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1318  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  28.06 
 
 
188 aa  61.2  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1741  sigma-24 (FecI-like)  33.57 
 
 
180 aa  61.2  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0218052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.29 
 
 
185 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.78 
 
 
182 aa  61.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.8 
 
 
248 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.17 
 
 
303 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1685  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.05 
 
 
205 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3961  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 
181 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.65 
 
 
187 aa  60.5  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000329231  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2793  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.53 
 
 
200 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129916  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>