More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1092 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
187 aa  357  5e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  44.07 
 
 
219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  43.24 
 
 
211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  40.46 
 
 
192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.12 
 
 
191 aa  110  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.94 
 
 
216 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.46 
 
 
191 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
181 aa  97.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  37.93 
 
 
191 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.72 
 
 
223 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.05 
 
 
260 aa  96.3  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  33.15 
 
 
190 aa  91.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.9 
 
 
189 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  34.81 
 
 
184 aa  89.4  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  35.91 
 
 
181 aa  88.2  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  37.36 
 
 
170 aa  85.5  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  36.57 
 
 
185 aa  84.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  37.43 
 
 
181 aa  82  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  35.84 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  32.02 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  34.07 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.59 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  35.26 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.47 
 
 
174 aa  75.5  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.39 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
194 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
190 aa  72  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  33.71 
 
 
190 aa  71.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
190 aa  71.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  31.95 
 
 
178 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  31.95 
 
 
178 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  31.55 
 
 
181 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
194 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  32.37 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  34.15 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  31.76 
 
 
190 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  32.58 
 
 
194 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.47 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  33.93 
 
 
190 aa  68.6  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  32.35 
 
 
183 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.15 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  31.11 
 
 
194 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.14 
 
 
182 aa  64.3  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  32.5 
 
 
224 aa  63.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.95 
 
 
180 aa  64.3  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.24 
 
 
195 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  32.33 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  31.55 
 
 
188 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.31 
 
 
195 aa  62.4  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.86 
 
 
216 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.22 
 
 
188 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
198 aa  60.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
179 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  31.35 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
198 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  30.56 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  29.94 
 
 
192 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.82 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.98 
 
 
134 aa  58.9  0.00000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
240 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.55 
 
 
246 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  22.8 
 
 
192 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.37 
 
 
182 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.14 
 
 
198 aa  58.5  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  29.51 
 
 
192 aa  58.2  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  21.76 
 
 
192 aa  57.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  21.76 
 
 
192 aa  57.8  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1377  RNA polymerase sigma factor  24.28 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.24965  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.06 
 
 
225 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  28.96 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.04 
 
 
240 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  28.96 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
185 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  30.49 
 
 
185 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1332  RNA polymerase sigma factor  27.72 
 
 
204 aa  57  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214235  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  21.24 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.82 
 
 
205 aa  57  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.41 
 
 
189 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.46 
 
 
218 aa  56.2  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.57 
 
 
185 aa  55.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1749  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.84 
 
 
220 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170067  hitchhiker  0.00382347 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2636  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.84 
 
 
220 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  30.38 
 
 
190 aa  55.5  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2711  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.84 
 
 
220 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.169267  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.34 
 
 
246 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  30.46 
 
 
202 aa  55.1  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2597  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.84 
 
 
220 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
184 aa  55.1  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.03 
 
 
173 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.47 
 
 
215 aa  54.7  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  30.38 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0598  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.56 
 
 
185 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  22.28 
 
 
192 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002700  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  23.5 
 
 
207 aa  53.9  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.61152  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  30.38 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  21.76 
 
 
192 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.14 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>