More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1433 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
216 aa  427  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  56.11 
 
 
219 aa  191  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  59.78 
 
 
211 aa  189  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  42.39 
 
 
192 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.02 
 
 
191 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.27 
 
 
191 aa  125  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.32 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.5 
 
 
187 aa  112  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.48 
 
 
223 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.24 
 
 
189 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  35.43 
 
 
181 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
191 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  35.8 
 
 
181 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 
190 aa  94.7  9e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.17 
 
 
189 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 
174 aa  90.9  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  35.76 
 
 
190 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  32.04 
 
 
184 aa  90.5  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  35.03 
 
 
185 aa  89  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
182 aa  89  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  33.94 
 
 
190 aa  88.2  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  37.11 
 
 
181 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  32.4 
 
 
190 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.2 
 
 
181 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  34.13 
 
 
190 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  32.98 
 
 
185 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.63 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  30.9 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  29.79 
 
 
184 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  34.1 
 
 
170 aa  81.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
189 aa  81.6  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  30.51 
 
 
194 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  31.69 
 
 
194 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.12 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  32.77 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  29.61 
 
 
185 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
184 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  30.86 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
178 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
232 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
178 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
228 aa  75.5  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  30.77 
 
 
185 aa  74.7  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.71 
 
 
180 aa  74.3  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  30.9 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 
224 aa  72  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.77 
 
 
205 aa  70.9  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
225 aa  69.7  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.11 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1611  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.82 
 
 
174 aa  69.3  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.88 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
188 aa  68.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  31.46 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.35 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.94 
 
 
189 aa  67.8  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.18 
 
 
191 aa  67  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2148  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
183 aa  65.1  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.73 
 
 
180 aa  64.7  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1945  RNA polymerase sigma factor  29.21 
 
 
192 aa  64.7  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0207098  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  29.94 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.11 
 
 
196 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.56 
 
 
198 aa  63.2  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.03 
 
 
182 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2124  RNA polymerase sigma factor  28.09 
 
 
192 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3471  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.72 
 
 
182 aa  62.8  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.711987  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3190  RNA polymerase sigma factor  29.14 
 
 
192 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  30.56 
 
 
218 aa  62  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1966  RNA polymerase sigma factor  26.55 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2114  RNA polymerase sigma factor  26.55 
 
 
192 aa  61.2  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1958  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
192 aa  60.8  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00853605  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.82 
 
 
198 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 
202 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1255  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.03 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
189 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.75 
 
 
189 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
196 aa  58.9  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.56 
 
 
196 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
185 aa  58.9  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2320  RNA polymerase sigma-24 factor, putative  25.58 
 
 
213 aa  58.2  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.213027  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  28 
 
 
181 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1366  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 
191 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.994867  normal  0.636053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.3 
 
 
201 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.91 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4573  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
206 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4913  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.91 
 
 
181 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.608282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2494  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
195 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631151  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3656  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.15 
 
 
183 aa  57  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1212  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.13 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000198211  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.95 
 
 
173 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.28 
 
 
183 aa  57  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3547  putative RNA polymerase sigma-e factor sigma-24  27.07 
 
 
205 aa  57.4  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.257444  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.43 
 
 
189 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4207  RNA polymerase sigma factor SigK  25.13 
 
 
203 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.57 
 
 
218 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.11 
 
 
168 aa  55.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270397  normal  0.0409988 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  26.84 
 
 
208 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>