More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1025 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
184 aa  368  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  91.16 
 
 
184 aa  332  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  55.37 
 
 
184 aa  209  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  55.06 
 
 
185 aa  201  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  55.11 
 
 
183 aa  195  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  53.33 
 
 
185 aa  190  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  51.93 
 
 
182 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  51.98 
 
 
183 aa  185  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  48.89 
 
 
190 aa  153  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  48.3 
 
 
190 aa  152  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  48.07 
 
 
190 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  47.49 
 
 
181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  43.48 
 
 
185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  49.44 
 
 
180 aa  150  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
178 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
178 aa  148  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
182 aa  144  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.03 
 
 
180 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  45.3 
 
 
194 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  45.65 
 
 
194 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  44.69 
 
 
190 aa  137  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  44.75 
 
 
194 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  43.1 
 
 
185 aa  135  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  46.59 
 
 
188 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  45.14 
 
 
179 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  40.56 
 
 
190 aa  132  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  44.32 
 
 
174 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  47.47 
 
 
224 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.25 
 
 
182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46 
 
 
179 aa  128  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.13 
 
 
189 aa  127  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  39.55 
 
 
181 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  38.86 
 
 
191 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  38.42 
 
 
181 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.89 
 
 
182 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.01 
 
 
174 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  37.95 
 
 
170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.04 
 
 
167 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.01 
 
 
219 aa  98.2  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.03 
 
 
181 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.06 
 
 
134 aa  94.4  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.67 
 
 
191 aa  84.7  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.57 
 
 
191 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
260 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  32 
 
 
192 aa  79  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.73 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2036  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.06 
 
 
215 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00199441  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  31.55 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.55 
 
 
187 aa  70.1  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5777  RNA polymerase sigma factor SigM  30.54 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.302435  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5401  RNA polymerase sigma factor SigM  30.54 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5490  RNA polymerase sigma factor SigM  30.54 
 
 
225 aa  67.8  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.251625  normal  0.202021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
212 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  34.94 
 
 
232 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.69 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  28.81 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  28.81 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  29.38 
 
 
192 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.53 
 
 
228 aa  64.7  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.77 
 
 
234 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.86 
 
 
190 aa  64.7  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
216 aa  64.3  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.14 
 
 
246 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.93 
 
 
269 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
235 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  31.67 
 
 
212 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.54 
 
 
190 aa  62.4  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  30.86 
 
 
194 aa  62  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1035  RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
161 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000122565  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.57 
 
 
246 aa  62  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
161 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 
201 aa  61.2  0.000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.35 
 
 
200 aa  60.5  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  30.59 
 
 
192 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.92 
 
 
201 aa  59.7  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.524534 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.37 
 
 
190 aa  59.7  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 
161 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
187 aa  59.3  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000626637 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
185 aa  59.3  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  27.78 
 
 
161 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.21 
 
 
188 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  29.5 
 
 
184 aa  59.3  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  29.3 
 
 
161 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  32.7 
 
 
178 aa  58.9  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0415  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.22 
 
 
198 aa  58.9  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.261796 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
248 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.9 
 
 
195 aa  58.9  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.59 
 
 
182 aa  58.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13946  RNA polymerase sigma factor SigM  28.39 
 
 
196 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0233545  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0200  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 
188 aa  58.5  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.594006  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5355  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.11 
 
 
248 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5523  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 
197 aa  58.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0545297  normal  0.541298 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  30.86 
 
 
177 aa  58.2  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.03 
 
 
240 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  30.22 
 
 
183 aa  58.5  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>