More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_4103 on replicon NC_009668
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009668  Oant_4103  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
189 aa  384  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.629234  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  72.58 
 
 
205 aa  265  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0021  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  73.56 
 
 
174 aa  253  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.376729  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0759  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.98 
 
 
180 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.147014  normal  0.380653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2571  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48 
 
 
182 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237209  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4813  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.69 
 
 
182 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.386135  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2573  RNA polymerase sigma factor  44.09 
 
 
184 aa  137  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.794803  normal  0.225176 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5142  RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
190 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.714756  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1520  RNA polymerase sigma factor  43.5 
 
 
190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  42.62 
 
 
188 aa  131  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2590  RNA polymerase sigma factor  40.68 
 
 
190 aa  128  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1025  RNA polymerase sigma factor  42.13 
 
 
184 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4408  RNA polymerase sigma factor  44.71 
 
 
184 aa  127  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1068  RNA polymerase sigma factor  40.11 
 
 
183 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0062  RNA polymerase sigma factor  41.86 
 
 
185 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5131  RNA polymerase sigma factor  42.77 
 
 
181 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  41.24 
 
 
190 aa  124  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1058  RNA polymerase sigma factor  40.7 
 
 
182 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  41.14 
 
 
182 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3064  RNA polymerase sigma factor  42.61 
 
 
179 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.53 
 
 
179 aa  121  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4275  RNA polymerase sigma factor  39.23 
 
 
183 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.047639 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
224 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4361  RNA polymerase sigma factor  38.2 
 
 
185 aa  118  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.779824  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2680  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.69 
 
 
174 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.782064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  38.33 
 
 
194 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2192  RNA polymerase sigma factor  40.68 
 
 
194 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.783463  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0305  RNA polymerase sigma factor  40.57 
 
 
185 aa  115  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.199092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  37.78 
 
 
194 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.36 
 
 
167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0958  RNA polymerase sigma factor  41.14 
 
 
185 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2035  RNA polymerase sigma factor  38.29 
 
 
178 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.825802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2178  RNA polymerase sigma factor  38.29 
 
 
178 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2034  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.94 
 
 
180 aa  109  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.157604  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3133  RNA polymerase sigma factor  36.76 
 
 
190 aa  108  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1910  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
191 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2016  RNA polymerase sigma factor  35.71 
 
 
181 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.365491  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3389  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.89 
 
 
191 aa  92.4  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.826667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  34.32 
 
 
181 aa  92.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.17 
 
 
134 aa  90.5  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4793  sigma-24 (FecI-like)  38.55 
 
 
219 aa  87.8  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
170 aa  85.1  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
260 aa  84.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.79 
 
 
191 aa  84.3  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.25487  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  31.43 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3387  putative RNA polymerase ECF-type sigma factor  31.15 
 
 
192 aa  77.4  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187925  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.55 
 
 
191 aa  77.4  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.76 
 
 
189 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1747  sigma-24 (FecI-like)  33.94 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0881  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
223 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116685 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  32.98 
 
 
194 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.910058  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4645  sigma-24 (FecI-like)  36.42 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1565  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
228 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.134258 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  32.63 
 
 
192 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3502  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.98 
 
 
188 aa  64.7  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000695897  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  33.15 
 
 
195 aa  64.7  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5053  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
189 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
212 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1020  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
161 aa  62.8  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  31.38 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.98 
 
 
188 aa  62.8  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
190 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  31.38 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.87 
 
 
174 aa  62.4  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  31.38 
 
 
192 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.73 
 
 
216 aa  62  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 
202 aa  61.6  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.38 
 
 
189 aa  61.2  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
195 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
188 aa  60.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4172  RNA polymerase sigma factor  32.85 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.72 
 
 
190 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.38 
 
 
208 aa  59.7  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  34.13 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  34.09 
 
 
212 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1035  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
161 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000122565  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  32.45 
 
 
161 aa  59.3  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1215  RNA polymerase sigma factor  32.37 
 
 
161 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  31.82 
 
 
161 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.02 
 
 
198 aa  58.9  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 
178 aa  59.3  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1169  RNA polymerase sigma factor  31.13 
 
 
161 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00105347  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.89 
 
 
190 aa  58.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.3 
 
 
221 aa  58.9  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.6 
 
 
200 aa  58.5  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  31.17 
 
 
161 aa  58.2  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2928  sigma-24 (FecI-like)  32.74 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.909502  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
195 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.16 
 
 
204 aa  57.8  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.88 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1731  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
194 aa  57.4  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0266504  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.43 
 
 
179 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.95 
 
 
185 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5063  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
184 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0657  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2776  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.75 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.835774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1592  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.86 
 
 
192 aa  56.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>